ಪ್ರೊಪಿಯಾನಿಕ್ ಆಮ್ಲ (PPA), ಒಂದು ಶಿಲೀಂಧ್ರನಾಶಕ ಏಜೆಂಟ್ ಮತ್ತು ಸಾಮಾನ್ಯ ಆಹಾರ ಸಂಯೋಜಕವಾಗಿದ್ದು, ಇಲಿಗಳಲ್ಲಿ ಅಸಹಜ ನರಗಳ ಬೆಳವಣಿಗೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ, ಜೊತೆಗೆ ಇದು ಕರುಳಿನ ಡಿಸ್ಬಯೋಸಿಸ್‌ನಿಂದ ಉಂಟಾಗಬಹುದು. ಆಹಾರದ PPA ಗೆ ಒಡ್ಡಿಕೊಳ್ಳುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಕರುಳಿನ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಟಾ ಡಿಸ್ಬಯೋಸಿಸ್ ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಸೂಚಿಸಲಾಗಿದೆ, ಆದರೆ ನೇರವಾಗಿ ತನಿಖೆ ಮಾಡಲಾಗಿಲ್ಲ. ಇಲ್ಲಿ, ಡಿಸ್ಬಯೋಸಿಸ್‌ಗೆ ಕಾರಣವಾಗುವ ಕರುಳಿನ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಟಾ ಸಂಯೋಜನೆಯಲ್ಲಿ PPA-ಸಂಬಂಧಿತ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ನಾವು ತನಿಖೆ ಮಾಡಿದ್ದೇವೆ. ಸಂಸ್ಕರಿಸದ ಆಹಾರ (n=9) ಮತ್ತು PPA-ಪುಷ್ಟೀಕರಿಸಿದ ಆಹಾರವನ್ನು (n=13) ನೀಡಲಾದ ಇಲಿಗಳ ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳನ್ನು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆ ಮತ್ತು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಚಯಾಪಚಯ ಮಾರ್ಗಗಳಲ್ಲಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸಲು ದೀರ್ಘ-ಶ್ರೇಣಿಯ ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲಾಯಿತು. ಆಹಾರದ PPA ಹಲವಾರು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡ್‌ಗಳು, ಪ್ರಿವೊಟೆಲ್ಲಾ ಮತ್ತು ರುಮಿನೊಕೊಕಸ್ ಜಾತಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಗಮನಾರ್ಹವಾದ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಳದೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ, ಇವುಗಳ ಸದಸ್ಯರು ಈ ಹಿಂದೆ PPA ಉತ್ಪಾದನೆಯಲ್ಲಿ ತೊಡಗಿಸಿಕೊಂಡಿದ್ದಾರೆ. PPA-ಒಳಗೊಂಡ ಇಲಿಗಳ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳು ಲಿಪಿಡ್ ಚಯಾಪಚಯ ಮತ್ತು ಸ್ಟೀರಾಯ್ಡ್ ಹಾರ್ಮೋನ್ ಜೈವಿಕ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾರ್ಗಗಳನ್ನು ಸಹ ಹೊಂದಿದ್ದವು. PPA ಕರುಳಿನ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಟಾ ಮತ್ತು ಅದರ ಸಂಬಂಧಿತ ಚಯಾಪಚಯ ಮಾರ್ಗಗಳನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸಬಹುದು ಎಂದು ನಮ್ಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ. ಈ ಗಮನಿಸಿದ ಬದಲಾವಣೆಗಳು ಸೇವನೆಗೆ ಸುರಕ್ಷಿತವೆಂದು ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾದ ಸಂರಕ್ಷಕಗಳು ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಮೇಲೆ ಪ್ರಭಾವ ಬೀರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿಯಾಗಿ ಮಾನವನ ಆರೋಗ್ಯದ ಮೇಲೆ ಪ್ರಭಾವ ಬೀರುತ್ತವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಎತ್ತಿ ತೋರಿಸುತ್ತವೆ.
ಮಾನವ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ "ದೇಹದ ಕೊನೆಯ ಅಂಗ" ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಮಾನವ ಆರೋಗ್ಯದಲ್ಲಿ ಪ್ರಮುಖ ಪಾತ್ರ ವಹಿಸುತ್ತದೆ (ಬಾಕ್ವೆರೊ ಮತ್ತು ನೊಂಬೆಲಾ, 2012). ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ಹೇಳುವುದಾದರೆ, ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯು ಅದರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಾದ್ಯಂತದ ಪ್ರಭಾವ ಮತ್ತು ಅನೇಕ ಅಗತ್ಯ ಕಾರ್ಯಗಳಲ್ಲಿ ಪಾತ್ರಕ್ಕಾಗಿ ಗುರುತಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ. ಕಮೆನ್ಸಲ್ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳು ಕರುಳಿನಲ್ಲಿ ಹೇರಳವಾಗಿವೆ, ಬಹು ಪರಿಸರ ತಾಣಗಳನ್ನು ಆಕ್ರಮಿಸುತ್ತವೆ, ಪೋಷಕಾಂಶಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಸಂಭಾವ್ಯ ರೋಗಕಾರಕಗಳೊಂದಿಗೆ ಸ್ಪರ್ಧಿಸುತ್ತವೆ (ಜಂಧ್ಯಾಲ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2015). ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಘಟಕಗಳು ಜೀವಸತ್ವಗಳಂತಹ ಅಗತ್ಯ ಪೋಷಕಾಂಶಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುವ ಮತ್ತು ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಉತ್ತೇಜಿಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ (ರೋಲ್ಯಾಂಡ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2018). ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಅಂಗಾಂಶ ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಮೇಲೆ ಪ್ರಭಾವ ಬೀರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಚಯಾಪಚಯ ಮತ್ತು ರೋಗನಿರೋಧಕ ಮಾರ್ಗಗಳನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ (ಹೈಜ್ಟ್ಜ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2011; ಯು ಮತ್ತು ಇತರರು, 2022). ಮಾನವ ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆಯು ಅತ್ಯಂತ ವೈವಿಧ್ಯಮಯವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಆಹಾರ, ಲಿಂಗ, ಔಷಧಿಗಳು ಮತ್ತು ಆರೋಗ್ಯ ಸ್ಥಿತಿಯಂತಹ ಆನುವಂಶಿಕ ಮತ್ತು ಪರಿಸರ ಅಂಶಗಳನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿರುತ್ತದೆ (ಕುಂಭರೆ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2019).
ತಾಯಿಯ ಆಹಾರವು ಭ್ರೂಣ ಮತ್ತು ನವಜಾತ ಶಿಶುವಿನ ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ನಿರ್ಣಾಯಕ ಅಂಶವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಮೇಲೆ ಪ್ರಭಾವ ಬೀರುವ ಸಂಯುಕ್ತಗಳ ಸಂಭಾವ್ಯ ಮೂಲವಾಗಿದೆ (Bazer et al., 2004; Innis, 2014). ಅಂತಹ ಒಂದು ಆಸಕ್ತಿದಾಯಕ ಸಂಯುಕ್ತವೆಂದರೆ ಪ್ರೊಪಿಯೋನಿಕ್ ಆಮ್ಲ (PPA), ಇದು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಹುದುಗುವಿಕೆಯಿಂದ ಪಡೆದ ಶಾರ್ಟ್-ಸರಪಳಿ ಕೊಬ್ಬಿನಾಮ್ಲ ಉಪ-ಉತ್ಪನ್ನ ಮತ್ತು ಆಹಾರ ಸಂಯೋಜಕವಾಗಿದೆ (den Besten et al., 2013). PPA ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ವಿರೋಧಿ ಮತ್ತು ಶಿಲೀಂಧ್ರನಾಶಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ ಇದನ್ನು ಆಹಾರ ಸಂರಕ್ಷಕವಾಗಿ ಮತ್ತು ಅಚ್ಚು ಮತ್ತು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಬೆಳವಣಿಗೆಯನ್ನು ಪ್ರತಿಬಂಧಿಸಲು ಕೈಗಾರಿಕಾ ಅನ್ವಯಿಕೆಗಳಲ್ಲಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ (Wemmenhove et al., 2016). PPA ವಿಭಿನ್ನ ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ವಿಭಿನ್ನ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಯಕೃತ್ತಿನಲ್ಲಿ, PPA ಮ್ಯಾಕ್ರೋಫೇಜ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಸೈಟೊಕಿನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುವ ಮೂಲಕ ಉರಿಯೂತದ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ (Kawasoe et al., 2022). ಈ ನಿಯಂತ್ರಕ ಪರಿಣಾಮವನ್ನು ಇತರ ರೋಗನಿರೋಧಕ ಕೋಶಗಳಲ್ಲಿಯೂ ಸಹ ಗಮನಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದು ಉರಿಯೂತದ ನಿಯಂತ್ರಣವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ (Haase et al., 2021). ಆದಾಗ್ಯೂ, ಮೆದುಳಿನಲ್ಲಿ ವಿರುದ್ಧ ಪರಿಣಾಮವನ್ನು ಗಮನಿಸಲಾಗಿದೆ. ಹಿಂದಿನ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಪಿಪಿಎಗೆ ಒಡ್ಡಿಕೊಳ್ಳುವುದರಿಂದ ಇಲಿಗಳಲ್ಲಿ ಸ್ವಲೀನತೆಯಂತಹ ನಡವಳಿಕೆ ಉಂಟಾಗುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿವೆ (ಎಲ್-ಅನ್ಸಾರಿ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2012). ಇತರ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಪಿಪಿಎ ಗ್ಲಿಯೋಸಿಸ್ ಅನ್ನು ಪ್ರೇರೇಪಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಮೆದುಳಿನಲ್ಲಿ ಉರಿಯೂತದ ವಿರೋಧಿ ಮಾರ್ಗಗಳನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿವೆ (ಅಬ್ಡೆಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2019). ಪಿಪಿಎ ದುರ್ಬಲ ಆಮ್ಲವಾಗಿರುವುದರಿಂದ, ಇದು ಕರುಳಿನ ಎಪಿಥೀಲಿಯಂ ಮೂಲಕ ರಕ್ತಪ್ರವಾಹಕ್ಕೆ ಹರಡಬಹುದು ಮತ್ತು ರಕ್ತ-ಮಿದುಳಿನ ತಡೆಗೋಡೆ ಮತ್ತು ಜರಾಯು ಸೇರಿದಂತೆ ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಅಡೆತಡೆಗಳನ್ನು ದಾಟಬಹುದು (ಸ್ಟಿನ್ಸನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2019), ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಿಂದ ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುವ ನಿಯಂತ್ರಕ ಮೆಟಾಬೊಲೈಟ್ ಆಗಿ ಪಿಪಿಎಯ ಪ್ರಾಮುಖ್ಯತೆಯನ್ನು ಎತ್ತಿ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. ಸ್ವಲೀನತೆಗೆ ಅಪಾಯಕಾರಿ ಅಂಶವಾಗಿ ಪಿಪಿಎಯ ಸಂಭಾವ್ಯ ಪಾತ್ರವು ಪ್ರಸ್ತುತ ತನಿಖೆಯಲ್ಲಿದೆಯಾದರೂ, ಸ್ವಲೀನತೆ ಹೊಂದಿರುವ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳ ಮೇಲೆ ಅದರ ಪರಿಣಾಮಗಳು ನರಗಳ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ಪ್ರೇರೇಪಿಸುವುದನ್ನು ಮೀರಿ ವಿಸ್ತರಿಸಬಹುದು.
ನರಗಳ ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಅಸ್ವಸ್ಥತೆಗಳಿರುವ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ ಅತಿಸಾರ ಮತ್ತು ಮಲಬದ್ಧತೆಯಂತಹ ಜಠರಗರುಳಿನ ಲಕ್ಷಣಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿದೆ (Cao et al., 2021). ಹಿಂದಿನ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಆಟಿಸಂ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರಮ್ ಅಸ್ವಸ್ಥತೆಗಳು (ASD) ಹೊಂದಿರುವ ರೋಗಿಗಳ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯು ಆರೋಗ್ಯವಂತ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳಿಗಿಂತ ಭಿನ್ನವಾಗಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿವೆ, ಇದು ಕರುಳಿನ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಟಾ ಡಿಸ್ಬಯೋಸಿಸ್ ಇರುವಿಕೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ (ಫೈನ್‌ಗೋಲ್ಡ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2010). ಅದೇ ರೀತಿ, ಉರಿಯೂತದ ಕರುಳಿನ ಕಾಯಿಲೆಗಳು, ಬೊಜ್ಜು, ಆಲ್ಝೈಮರ್ ಕಾಯಿಲೆ, ಇತ್ಯಾದಿ ರೋಗಿಗಳ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳು ಆರೋಗ್ಯವಂತ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳಿಗಿಂತ ಭಿನ್ನವಾಗಿವೆ (ಟರ್ನ್‌ಬಾಗ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2009; ವೋಗ್ಟ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2017; ಹೆನ್ಕೆ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2019). ಆದಾಗ್ಯೂ, ಇಲ್ಲಿಯವರೆಗೆ, ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ ಮತ್ತು ನರವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಕಾಯಿಲೆಗಳು ಅಥವಾ ರೋಗಲಕ್ಷಣಗಳ ನಡುವೆ ಯಾವುದೇ ಸಾಂದರ್ಭಿಕ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ (ಯಾಪ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2021), ಆದಾಗ್ಯೂ ಹಲವಾರು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಪ್ರಭೇದಗಳು ಈ ಕೆಲವು ರೋಗ ಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಪಾತ್ರವಹಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ಭಾವಿಸಲಾಗಿದೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಅಕ್ಕರ್‌ಮ್ಯಾನ್ಸಿಯಾ, ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡ್ಸ್, ಕ್ಲೋಸ್ಟ್ರಿಡಿಯಮ್, ಲ್ಯಾಕ್ಟೋಬಾಸಿಲಸ್, ಡೆಸಲ್ಫೋವಿಬ್ರಿಯೊ ಮತ್ತು ಇತರ ತಳಿಗಳು ಆಟಿಸಂ ರೋಗಿಗಳ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಟಾದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಹೇರಳವಾಗಿವೆ (ಟೊಮೊವಾ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2015; ಗೊಲುಬೆವಾ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2017; ಕ್ರಿಸ್ಟಿಯಾನೊ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2018; ಜುರಿಟಾ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2020). ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ, ಈ ತಳಿಗಳಲ್ಲಿ ಕೆಲವು ಸದಸ್ಯ ಪ್ರಭೇದಗಳು ಪಿಪಿಎ ಉತ್ಪಾದನೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ ಎಂದು ತಿಳಿದುಬಂದಿದೆ (ರೀಚಾರ್ಡ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2014; ಯುನ್ ಮತ್ತು ಲೀ, 2016; ಜಾಂಗ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2019; ಬೌರ್ ಮತ್ತು ಡುರ್ರೆ, 2023). ಪಿಪಿಎಯ ಆಂಟಿಮೈಕ್ರೊಬಿಯಲ್ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ನೀಡಿದರೆ, ಅದರ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುವುದು ಪಿಪಿಎ-ಉತ್ಪಾದಿಸುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಬೆಳವಣಿಗೆಗೆ ಪ್ರಯೋಜನಕಾರಿಯಾಗಬಹುದು (ಜಾಕೋಬ್ಸನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2018). ಹೀಗಾಗಿ, ಪಿಎಫ್‌ಎ-ಭರಿತ ವಾತಾವರಣವು ಜಠರಗರುಳಿನ ರೋಗಕಾರಕಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಕರುಳಿನ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಟಾದಲ್ಲಿ ಬದಲಾವಣೆಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು, ಇದು ಜಠರಗರುಳಿನ ರೋಗಲಕ್ಷಣಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುವ ಸಂಭಾವ್ಯ ಅಂಶಗಳಾಗಿರಬಹುದು.
ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಶೋಧನೆಯಲ್ಲಿ ಒಂದು ಕೇಂದ್ರ ಪ್ರಶ್ನೆಯೆಂದರೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆಯಲ್ಲಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳು ಆಧಾರವಾಗಿರುವ ಕಾಯಿಲೆಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವೇ ಅಥವಾ ಲಕ್ಷಣವೇ ಎಂಬುದು. ಆಹಾರ, ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ ಮತ್ತು ನರವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಕಾಯಿಲೆಗಳ ನಡುವಿನ ಸಂಕೀರ್ಣ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟಪಡಿಸುವ ಮೊದಲ ಹೆಜ್ಜೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಮೇಲೆ ಆಹಾರದ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸುವುದು. ಈ ಉದ್ದೇಶಕ್ಕಾಗಿ, PPA-ಭರಿತ ಅಥವಾ PPA-ಕ್ಷೀಣಿಸಿದ ಆಹಾರವನ್ನು ನೀಡುತ್ತಿದ್ದ ಇಲಿಗಳ ಸಂತತಿಯ ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳನ್ನು ಹೋಲಿಸಲು ನಾವು ದೀರ್ಘ-ಓದಿದ ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ. ಸಂತತಿಗೆ ಅವುಗಳ ತಾಯಂದಿರಂತೆಯೇ ಆಹಾರವನ್ನು ನೀಡಲಾಯಿತು. PPA-ಭರಿತ ಆಹಾರವು ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆ ಮತ್ತು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಮಾರ್ಗಗಳಲ್ಲಿ ಬದಲಾವಣೆಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಾವು ಊಹಿಸಿದ್ದೇವೆ, ವಿಶೇಷವಾಗಿ PPA ಚಯಾಪಚಯ ಮತ್ತು/ಅಥವಾ PPA ಉತ್ಪಾದನೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದವುಗಳು.
ಈ ಅಧ್ಯಯನವು FVB/N-Tg(GFAP-GFP)14Mes/J ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಜೆನಿಕ್ ಇಲಿಗಳನ್ನು (ಜಾಕ್ಸನ್ ಲ್ಯಾಬೋರೇಟರೀಸ್) ಬಳಸಿದೆ, ಇದು ಸೆಂಟ್ರಲ್ ಫ್ಲೋರಿಡಾ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯದ ಸಾಂಸ್ಥಿಕ ಪ್ರಾಣಿ ಆರೈಕೆ ಮತ್ತು ಬಳಕೆ ಸಮಿತಿಯ (UCF-IACUC) ಮಾರ್ಗಸೂಚಿಗಳನ್ನು ಅನುಸರಿಸಿ ಗ್ಲಿಯಾ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ GFAP ಪ್ರವರ್ತಕದ ನಿಯಂತ್ರಣದಲ್ಲಿ ಹಸಿರು ಪ್ರತಿದೀಪಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ (GFP) ಅನ್ನು ಅತಿಯಾಗಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸುತ್ತದೆ (ಪ್ರಾಣಿಗಳ ಬಳಕೆಯ ಪರವಾನಗಿ ಸಂಖ್ಯೆ: PROTO202000002). ಹಾಲುಣಿಸಿದ ನಂತರ, ಇಲಿಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ಪಂಜರಗಳಲ್ಲಿ ಇರಿಸಲಾಯಿತು, ಪ್ರತಿ ಪಂಜರಕ್ಕೆ ಪ್ರತಿ ಲಿಂಗದ 1–5 ಇಲಿಗಳನ್ನು ಇರಿಸಲಾಯಿತು. ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಿದ ನಿಯಂತ್ರಣ ಆಹಾರ (ಮಾರ್ಪಡಿಸಿದ ಮುಕ್ತ-ಲೇಬಲ್ ಪ್ರಮಾಣಿತ ಆಹಾರ, 16 kcal% ಕೊಬ್ಬು) ಅಥವಾ ಸೋಡಿಯಂ ಪ್ರೊಪಿಯೊನೇಟ್-ಪೂರಕ ಆಹಾರ (ಮಾರ್ಪಡಿಸಿದ ಮುಕ್ತ-ಲೇಬಲ್ ಪ್ರಮಾಣಿತ ಆಹಾರ, 16 kcal% ಕೊಬ್ಬು, 5,000 ppm ಸೋಡಿಯಂ ಪ್ರೊಪಿಯೊನೇಟ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ) ಜೊತೆಗೆ ಇಲಿಗಳಿಗೆ ಉಚಿತ ಆಹಾರವನ್ನು ನೀಡಲಾಯಿತು. ಬಳಸಿದ ಸೋಡಿಯಂ ಪ್ರೊಪಿಯೊನೇಟ್‌ನ ಪ್ರಮಾಣವು 5,000 mg PFA/kg ಒಟ್ಟು ಆಹಾರ ತೂಕಕ್ಕೆ ಸಮನಾಗಿರುತ್ತದೆ. ಆಹಾರ ಸಂರಕ್ಷಕವಾಗಿ ಬಳಸಲು ಅನುಮೋದಿಸಲಾದ PPA ಯ ಅತ್ಯಧಿಕ ಸಾಂದ್ರತೆ ಇದು. ಈ ಅಧ್ಯಯನಕ್ಕೆ ತಯಾರಿ ನಡೆಸಲು, ಪೋಷಕ ಇಲಿಗಳಿಗೆ ಸಂಯೋಗಕ್ಕೆ 4 ವಾರಗಳ ಮೊದಲು ಎರಡೂ ಆಹಾರಗಳನ್ನು ನೀಡಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಅಣೆಕಟ್ಟಿನ ಗರ್ಭಧಾರಣೆಯ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಮುಂದುವರಿಸಲಾಯಿತು. ಸಂತತಿ ಇಲಿಗಳನ್ನು [22 ಇಲಿಗಳು, 9 ನಿಯಂತ್ರಣ ಇಲಿಗಳು (6 ಗಂಡು, 3 ಹೆಣ್ಣು) ಮತ್ತು 13 PPA (4 ಗಂಡು, 9 ಹೆಣ್ಣು)] ಹಾಲುಣಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ನಂತರ ಅಣೆಕಟ್ಟುಗಳಂತೆಯೇ 5 ತಿಂಗಳ ಕಾಲ ಅದೇ ಆಹಾರದಲ್ಲಿ ಮುಂದುವರಿಸಲಾಯಿತು. ಸಂತತಿ ಇಲಿಗಳನ್ನು 5 ತಿಂಗಳ ವಯಸ್ಸಿನಲ್ಲಿ ಬಲಿ ನೀಡಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಕರುಳಿನ ಮಲವನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಿ ಆರಂಭದಲ್ಲಿ 1.5 ಮಿಲಿ ಮೈಕ್ರೋಸೆಂಟ್ರಿಫ್ಯೂಜ್ ಟ್ಯೂಬ್‌ಗಳಲ್ಲಿ -20 ° C ನಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ನಂತರ ಆತಿಥೇಯ ಡಿಎನ್‌ಎ ಖಾಲಿಯಾಗುವವರೆಗೆ ಮತ್ತು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲಗಳನ್ನು ಹೊರತೆಗೆಯುವವರೆಗೆ -80 ° C ಫ್ರೀಜರ್‌ಗೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಲಾಯಿತು.
ಮಾರ್ಪಡಿಸಿದ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ ಪ್ರಕಾರ ಹೋಸ್ಟ್ ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲಾಯಿತು (ಚಾರಲಂಪೌಸ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2019). ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ, ಮಲದ ವಿಷಯಗಳನ್ನು 500 µl ಇನ್ಹಿಬಿಟೆಕ್ಸ್ (ಕ್ವಿಯಾಜೆನ್, ಕ್ಯಾಟ್ #/ಐಡಿ: 19593) ಗೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಫ್ರೀಜ್‌ನಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಯಿತು. ಪ್ರತಿ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆಗೆ ಗರಿಷ್ಠ 1-2 ಮಲದ ಗುಳಿಗೆಗಳನ್ನು ಸಂಸ್ಕರಿಸಿ. ನಂತರ ಮಲದ ವಿಷಯಗಳನ್ನು ಕೊಳವೆಯೊಳಗೆ ಪ್ಲಾಸ್ಟಿಕ್ ಕೀಟವನ್ನು ಬಳಸಿ ಸ್ಲರಿ ರೂಪಿಸಲು ಯಾಂತ್ರಿಕವಾಗಿ ಏಕರೂಪಗೊಳಿಸಲಾಯಿತು. 5 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಅಥವಾ ಮಾದರಿಗಳು ಗುಳಿಗೆಯಾಗುವವರೆಗೆ 10,000 RCF ನಲ್ಲಿ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿ ಮಾಡಿ, ನಂತರ ಸೂಪರ್‌ನೇಟಂಟ್ ಅನ್ನು ಆಸ್ಪಿರೇಟ್ ಮಾಡಿ ಮತ್ತು 250 µl 1× PBS ನಲ್ಲಿ ಗುಳಿಗೆಯನ್ನು ಮತ್ತೆ ನೆನೆಸಿ. ಯುಕ್ಯಾರಿಯೋಟಿಕ್ ಕೋಶ ಪೊರೆಗಳನ್ನು ಸಡಿಲಗೊಳಿಸಲು ಡಿಟರ್ಜೆಂಟ್ ಆಗಿ ಮಾದರಿಗೆ 250 µl 4.4% ಸಪೋನಿನ್ ದ್ರಾವಣವನ್ನು (TCI, ಉತ್ಪನ್ನ ಸಂಖ್ಯೆ S0019) ಸೇರಿಸಿ. ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ನಯವಾದ ತನಕ ನಿಧಾನವಾಗಿ ಬೆರೆಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಕೋಣೆಯ ಉಷ್ಣಾಂಶದಲ್ಲಿ 10 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಕಾವುಕೊಡಲಾಯಿತು. ಮುಂದೆ, ಯುಕ್ಯಾರಿಯೋಟಿಕ್ ಕೋಶಗಳನ್ನು ವಿಭಜಿಸಲು, 350 μl ನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್-ಮುಕ್ತ ನೀರನ್ನು ಮಾದರಿಗೆ ಸೇರಿಸಲಾಯಿತು, 30 ಸೆಕೆಂಡುಗಳ ಕಾಲ ಇನ್ಕ್ಯುಬೇಟ್ ಮಾಡಲಾಯಿತು, ಮತ್ತು ನಂತರ 12 μl 5 M NaCl ಅನ್ನು ಸೇರಿಸಲಾಯಿತು. ನಂತರ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು 6000 RCF ನಲ್ಲಿ 5 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿ ಮಾಡಲಾಯಿತು. ಸೂಪರ್ನೇಟಂಟ್ ಅನ್ನು ಆಸ್ಪಿರೇಟ್ ಮಾಡಿ ಮತ್ತು 100 μl 1X PBS ನಲ್ಲಿ ಪೆಲೆಟ್ ಅನ್ನು ಮತ್ತೆ ಜೋಡಿಸಿ. ಹೋಸ್ಟ್ DNA ಅನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲು, 100 μl HL-SAN ಬಫರ್ (12.8568 ಗ್ರಾಂ NaCl, 4 ಮಿಲಿ 1M MgCl2, 36 ಮಿಲಿ ನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್-ಮುಕ್ತ ನೀರು) ಮತ್ತು 10 μl HL-SAN ಕಿಣ್ವ (ಆರ್ಟಿಕ್‌ಜೈಮ್ಸ್ P/N 70910-202) ಸೇರಿಸಿ. ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಪೈಪ್‌ಟಿಂಗ್ ಮೂಲಕ ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಮಿಶ್ರಣ ಮಾಡಿ, ಎಪ್ಪೆಂಡಾರ್ಫ್™ ಥರ್ಮೋಮಿಕ್ಸರ್ ಸಿ ನಲ್ಲಿ 37 °C ನಲ್ಲಿ 30 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ 800 rpm ನಲ್ಲಿ ಇನ್ಕ್ಯುಬೇಟ್ ಮಾಡಲಾಯಿತು. ಇನ್ಕ್ಯುಬೇಟ್ ಮಾಡಿದ ನಂತರ, 6000 RCF ನಲ್ಲಿ 3 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಸೆಂಟ್ರಿಫ್ಯೂಜ್ ಮಾಡಿ, 800 µl ಮತ್ತು 1000 µl 1X PBS ನಿಂದ ಎರಡು ಬಾರಿ ತೊಳೆಯಲಾಯಿತು. ಅಂತಿಮವಾಗಿ, ಪೆಲೆಟ್ ಅನ್ನು 100 µl 1X PBS ನಲ್ಲಿ ಮತ್ತೆ ನೆನೆಸಿಡಿ.
ನ್ಯೂ ಇಂಗ್ಲೆಂಡ್ ಬಯೋಲ್ಯಾಬ್ಸ್ ಮೊನಾರ್ಕ್ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎ ಶುದ್ಧೀಕರಣ ಕಿಟ್ (ನ್ಯೂ ಇಂಗ್ಲೆಂಡ್ ಬಯೋಲ್ಯಾಬ್ಸ್, ಇಪ್ಸ್ವಿಚ್, ಎಂಎ, ಕ್ಯಾಟ್# T3010L) ಬಳಸಿ ಒಟ್ಟು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲಾಯಿತು. ಕಿಟ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಒದಗಿಸಲಾದ ಪ್ರಮಾಣಿತ ಕಾರ್ಯಾಚರಣಾ ವಿಧಾನವನ್ನು ಸ್ವಲ್ಪ ಮಾರ್ಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಅಂತಿಮ ಎಲ್ಯೂಷನ್‌ಗಾಗಿ ಕಾರ್ಯಾಚರಣೆಗೆ ಮೊದಲು 60°C ನಲ್ಲಿ ನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್-ಮುಕ್ತ ನೀರನ್ನು ಕಾವುಕೊಡಿರಿ ಮತ್ತು ನಿರ್ವಹಿಸಿ. ಪ್ರತಿ ಮಾದರಿಗೆ 10 µl ಪ್ರೋಟೀನೇಸ್ K ಮತ್ತು 3 µl RNase A ಸೇರಿಸಿ. ನಂತರ 100 µl ಸೆಲ್ ಲೈಸಿಸ್ ಬಫರ್ ಸೇರಿಸಿ ಮತ್ತು ನಿಧಾನವಾಗಿ ಮಿಶ್ರಣ ಮಾಡಿ. ನಂತರ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಎಪ್ಪೆಂಡಾರ್ಫ್™ ಥರ್ಮೋಮಿಕ್ಸರ್ ಸಿ ನಲ್ಲಿ 56°C ಮತ್ತು 1400 rpm ನಲ್ಲಿ ಕನಿಷ್ಠ 1 ಗಂಟೆ ಮತ್ತು 3 ಗಂಟೆಗಳವರೆಗೆ ಕಾವುಕೊಡಲಾಯಿತು. ಇನ್ಕ್ಯುಬೇಟ್ ಮಾಡಲಾದ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು 12,000 RCF ನಲ್ಲಿ 3 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಸೆಂಟ್ರಿಫ್ಯೂಜ್ ಮಾಡಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಪ್ರತಿ ಮಾದರಿಯಿಂದ ಸೂಪರ್ನೇಟಂಟ್ ಅನ್ನು 400 µL ಬೈಂಡಿಂಗ್ ದ್ರಾವಣವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರತ್ಯೇಕ 1.5 mL ಮೈಕ್ರೋಸೆಂಟ್ರಿಫ್ಯೂಜ್ ಟ್ಯೂಬ್‌ಗೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಲಾಯಿತು. ನಂತರ ಟ್ಯೂಬ್‌ಗಳನ್ನು 1 ಸೆಕೆಂಡ್ ಮಧ್ಯಂತರದಲ್ಲಿ 5-10 ಸೆಕೆಂಡುಗಳ ಕಾಲ ಪಲ್ಸ್ ವೋರ್ಟೆಕ್ಸ್ ಮಾಡಲಾಯಿತು. ಪ್ರತಿ ಮಾದರಿಯ ಸಂಪೂರ್ಣ ದ್ರವದ ಅಂಶವನ್ನು (ಸರಿಸುಮಾರು 600–700 µL) ಫ್ಲೋ-ಥ್ರೂ ಸಂಗ್ರಹಣಾ ಟ್ಯೂಬ್‌ನಲ್ಲಿ ಇರಿಸಲಾದ ಫಿಲ್ಟರ್ ಕಾರ್ಟ್ರಿಡ್ಜ್‌ಗೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಿ. ಆರಂಭಿಕ ಡಿಎನ್‌ಎ ಬಂಧಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ಅನುಮತಿಸಲು ಟ್ಯೂಬ್‌ಗಳನ್ನು 3 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ 1,000 RCF ನಲ್ಲಿ ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿ ಮಾಡಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ನಂತರ ಉಳಿದ ದ್ರವವನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲು 1 ನಿಮಿಷಕ್ಕೆ 12,000 RCF ನಲ್ಲಿ ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿ ಮಾಡಲಾಯಿತು. ಮಾದರಿ ಕಾಲಮ್ ಅನ್ನು ಹೊಸ ಸಂಗ್ರಹಣಾ ಟ್ಯೂಬ್‌ಗೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ನಂತರ ಎರಡು ಬಾರಿ ತೊಳೆಯಲಾಯಿತು. ಮೊದಲ ತೊಳೆಯುವಿಕೆಗಾಗಿ, ಪ್ರತಿ ಟ್ಯೂಬ್‌ಗೆ 500 µL ವಾಶ್ ಬಫರ್ ಅನ್ನು ಸೇರಿಸಿ. ಟ್ಯೂಬ್ ಅನ್ನು 3–5 ಬಾರಿ ತಿರುಗಿಸಿ ಮತ್ತು ನಂತರ 1 ನಿಮಿಷಕ್ಕೆ 12,000 RCF ನಲ್ಲಿ ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿ. ಸಂಗ್ರಹಣಾ ಟ್ಯೂಬ್‌ನಿಂದ ದ್ರವವನ್ನು ತ್ಯಜಿಸಿ ಮತ್ತು ಫಿಲ್ಟರ್ ಕಾರ್ಟ್ರಿಡ್ಜ್ ಅನ್ನು ಅದೇ ಸಂಗ್ರಹಣಾ ಟ್ಯೂಬ್‌ಗೆ ಮತ್ತೆ ಇರಿಸಿ. ಎರಡನೇ ತೊಳೆಯುವಿಕೆಗಾಗಿ, ತಲೆಕೆಳಗಾಗಿಸದೆ ಫಿಲ್ಟರ್‌ಗೆ 500 µL ವಾಶ್ ಬಫರ್ ಅನ್ನು ಸೇರಿಸಿ. ಮಾದರಿಗಳನ್ನು 1 ನಿಮಿಷಕ್ಕೆ 12,000 RCF ನಲ್ಲಿ ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿ ಮಾಡಲಾಯಿತು. ಫಿಲ್ಟರ್ ಅನ್ನು 1.5 mL LoBind® ಟ್ಯೂಬ್‌ಗೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಿ ಮತ್ತು 100 µL ಪೂರ್ವ-ಬೆಚ್ಚಗಿನ ನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್-ಮುಕ್ತ ನೀರನ್ನು ಸೇರಿಸಿ. ಫಿಲ್ಟರ್‌ಗಳನ್ನು ಕೋಣೆಯ ಉಷ್ಣಾಂಶದಲ್ಲಿ 1 ನಿಮಿಷಕ್ಕೆ ಇನ್ಕ್ಯುಬೇಟ್ ಮಾಡಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ನಂತರ 12,000 RCF ನಲ್ಲಿ 1 ನಿಮಿಷಕ್ಕೆ ಸೆಂಟ್ರಿಫ್ಯೂಜ್ ಮಾಡಲಾಯಿತು. ಎಲ್ಯೂಟೆಡ್ ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು -80°C ನಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಯಿತು.
ಡಿಎನ್‌ಎ ಸಾಂದ್ರತೆಯನ್ನು ಕ್ಯೂಬಿಟ್™ 4.0 ಫ್ಲೋರೋಮೀಟರ್ ಬಳಸಿ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲಾಯಿತು. ತಯಾರಕರ ಸೂಚನೆಗಳ ಪ್ರಕಾರ ಕ್ಯೂಬಿಟ್™ 1X ಡಿಎಸ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ ಹೈ ಸೆನ್ಸಿಟಿವಿಟಿ ಕಿಟ್ (ಕ್ಯಾಟ್. ಸಂಖ್ಯೆ. ಕ್ಯೂ33231) ಬಳಸಿ ಡಿಎನ್‌ಎ ತಯಾರಿಸಲಾಯಿತು. ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕು ಉದ್ದದ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ಅಗ್ಲಿಯಂಟ್™ 4150 ಅಥವಾ 4200 ಟೇಪ್‌ಸ್ಟೇಷನ್ ಬಳಸಿ ಅಳೆಯಲಾಯಿತು. ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ಅಜಿಲೆಂಟ್™ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್‌ಎ ಕಾರಕಗಳು (ಕ್ಯಾಟ್. ಸಂಖ್ಯೆ. 5067-5366) ಮತ್ತು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್‌ಎ ಸ್ಕ್ರೀನ್‌ಟೇಪ್ (ಕ್ಯಾಟ್. ಸಂಖ್ಯೆ. 5067-5365) ಬಳಸಿ ತಯಾರಿಸಲಾಯಿತು. ತಯಾರಕರ ಸೂಚನೆಗಳ ಪ್ರಕಾರ ಆಕ್ಸ್‌ಫರ್ಡ್ ನ್ಯಾನೋಪೋರ್ ಟೆಕ್ನಾಲಜೀಸ್™ (ONT) ರಾಪಿಡ್ ಪಿಸಿಆರ್ ಬಾರ್‌ಕೋಡಿಂಗ್ ಕಿಟ್ (SQK-RPB004) ಬಳಸಿ ಗ್ರಂಥಾಲಯ ಸಿದ್ಧತೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು. ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು Min106D ಫ್ಲೋ ಸೆಲ್ (R 9.4.1) ಹೊಂದಿರುವ ONT ಗ್ರಿಡ್ಐಒಎನ್™ ಎಂಕೆ 1 ಸೀಕ್ವೆನ್ಸರ್ ಬಳಸಿ ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲಾಯಿತು. ಅನುಕ್ರಮ ಸೆಟ್ಟಿಂಗ್‌ಗಳು ಹೀಗಿವೆ: ಹೆಚ್ಚಿನ ನಿಖರತೆಯ ಮೂಲ ಕರೆ, ಕನಿಷ್ಠ q ಮೌಲ್ಯ 9, ಬಾರ್‌ಕೋಡ್ ಸೆಟಪ್ ಮತ್ತು ಬಾರ್‌ಕೋಡ್ ಟ್ರಿಮ್. ಮಾದರಿಗಳನ್ನು 72 ಗಂಟೆಗಳ ಕಾಲ ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲಾಯಿತು, ನಂತರ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆ ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಮೂಲ ಕರೆ ಡೇಟಾವನ್ನು ಸಲ್ಲಿಸಲಾಯಿತು.
ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಸಂಸ್ಕರಣೆಯನ್ನು ಹಿಂದೆ ವಿವರಿಸಿದ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ ನಡೆಸಲಾಯಿತು (ಗ್ರೀನ್‌ಮನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2024). ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ಪಡೆದ FASTQ ಫೈಲ್‌ಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿ ಮಾದರಿಗೆ ಡೈರೆಕ್ಟರಿಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಮೊದಲು, ಡೇಟಾವನ್ನು ಈ ಕೆಳಗಿನ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ ಬಳಸಿ ಸಂಸ್ಕರಿಸಲಾಯಿತು: ಮೊದಲು, ಮಾದರಿಗಳ FASTQ ಫೈಲ್‌ಗಳನ್ನು ಒಂದೇ FASTQ ಫೈಲ್‌ಗೆ ವಿಲೀನಗೊಳಿಸಲಾಯಿತು. ನಂತರ, 1000 bp ಗಿಂತ ಕಡಿಮೆ ಇರುವ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು Filtlong v. 0.2.1 ಬಳಸಿ ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಲಾಯಿತು, ಏಕೈಕ ಪ್ಯಾರಾಮೀಟರ್ ಅನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸಲಾಯಿತು –min_length 1000 (ವಿಕ್, 2024). ಮತ್ತಷ್ಟು ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡುವ ಮೊದಲು, ನ್ಯಾನೊಪ್ಲಾಟ್ v. 1.41.3 ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಈ ಕೆಳಗಿನ ಪ್ಯಾರಾಮೀಟರ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಓದುವ ಗುಣಮಟ್ಟವನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸಲಾಯಿತು: –fastq –plots dot –N50 -o(ಡಿ ಕೋಸ್ಟರ್ ಮತ್ತು ರೇಡ್‌ಮೇಕರ್ಸ್, 2023). ಈ ಕೆಳಗಿನ ನಿಯತಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೋಸ್ಟ್-ಕಲುಷಿತ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲು ಮಿನಿಮ್ಯಾಪ್2 v. 2.24-r1122 ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಮೌಸ್ ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್ GRCm39 (GCF_000001635.27) ಗೆ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಜೋಡಿಸಲಾಗಿದೆ: -L -ax map-ont(ಲೀ, 2018). ಉತ್ಪಾದಿಸಲಾದ ಜೋಡಣೆ ಫೈಲ್‌ಗಳನ್ನು ಸ್ಯಾಮ್‌ಟೂಲ್ಸ್ ಆವೃತ್ತಿ 1.16.1 ರಲ್ಲಿ ಸ್ಯಾಮ್‌ಟೂಲ್ಸ್ ವ್ಯೂ -ಬಿ (ಡ್ಯಾನೆಸೆಕ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2021) ಬಳಸಿ ಬಿಎಎಂ ಸ್ವರೂಪಕ್ಕೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಲಾಯಿತು. ನಂತರ ಸ್ಯಾಮ್‌ಟೂಲ್ಸ್ ವ್ಯೂ -ಬಿ -ಎಫ್ 4 ಬಳಸಿ ಜೋಡಿಸದ ಓದುಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಯಿತು, ಈ ಓದುಗಳು ಹೋಸ್ಟ್ ಜೀನೋಮ್‌ಗೆ ಸೇರಿಲ್ಲ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಜೋಡಿಸದ ಓದುಗಳನ್ನು ಡೀಫಾಲ್ಟ್ ನಿಯತಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ ಸ್ಯಾಮ್‌ಟೂಲ್ಸ್ ಬಾಮ್ 2 ಎಫ್‌ಕ್ಯೂ ಬಳಸಿ ಮತ್ತೆ ಫಾಸ್ಟ್‌ಕ್ಯೂ ಸ್ವರೂಪಕ್ಕೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಲಾಯಿತು. ಹಿಂದೆ ವಿವರಿಸಿದ ಸೆಟ್ಟಿಂಗ್‌ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಮತ್ತಷ್ಟು ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಿದ ಓದುಗಳಲ್ಲಿ ನ್ಯಾನೊಪ್ಲಾಟ್ ಅನ್ನು ಮರು-ರನ್ ಮಾಡಲಾಯಿತು. ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಿದ ನಂತರ, ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಮೆಟಾಫ್ಲೈ ವಿ. 2.8.2-ಬಿ 1689 ಬಳಸಿ ಈ ಕೆಳಗಿನ ನಿಯತಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ ಜೋಡಿಸಲಾಯಿತು: –ನಾನೋ-ರಾ–ಮೆಟಾ (ಕೊಲ್ಮೊಗೊರೊವ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2020). ಉಳಿದ ನಿಯತಾಂಕಗಳನ್ನು ಅವುಗಳ ಡೀಫಾಲ್ಟ್ ಮೌಲ್ಯಗಳಲ್ಲಿ ಬಿಡಿ. ಜೋಡಣೆಯ ನಂತರ, ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಿದ ಓದುಗಳನ್ನು ಮಿನಿಮ್ಯಾಪ್ 2 ಬಳಸಿ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲಾಯಿತು ಮತ್ತು -ax ಮ್ಯಾಪ್-ಆಂಟ್ ನಿಯತಾಂಕವನ್ನು SAM ಸ್ವರೂಪದಲ್ಲಿ ಜೋಡಣೆ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸಲು ಬಳಸಲಾಯಿತು. ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಮೊದಲು ರಾಕನ್ ವಿ. 1.4.20 ಬಳಸಿ ಈ ಕೆಳಗಿನ ನಿಯತಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ ಪರಿಷ್ಕರಿಸಲಾಯಿತು: -m 8 -x -6 -g -8 -w 500 -u (ವಾಸರ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2017). ರಾಕನ್ ಪೂರ್ಣಗೊಂಡ ನಂತರ, ಅದನ್ನು ಮೆಡಕಾ_ಕಾನ್ಸೆಸಸ್ ಬಳಸಿ ಮೆಡಕಾ ವಿ. 1.7.2 ನೊಂದಿಗೆ ಮತ್ತಷ್ಟು ಪರಿಷ್ಕರಿಸಲಾಯಿತು, -m ನಿಯತಾಂಕವನ್ನು ಹೊರತುಪಡಿಸಿ ಎಲ್ಲಾ ನಿಯತಾಂಕಗಳನ್ನು ಅವುಗಳ ಡೀಫಾಲ್ಟ್ ಮೌಲ್ಯಗಳಲ್ಲಿ ಬಿಡಲಾಯಿತು. ನಮ್ಮ ಡೇಟಾಗೆ ಬಳಸಲಾಗುವ ಹರಿವಿನ ಕೋಶ ರಸಾಯನಶಾಸ್ತ್ರ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ-ನಿಖರತೆಯ ಮೂಲ ಕರೆ ಮಾಡುವಿಕೆಯನ್ನು ನಿರ್ದಿಷ್ಟಪಡಿಸಲು -m ನಿಯತಾಂಕವನ್ನು r941_min_hac_g507 ಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ (ನ್ಯಾನೊಪೊರೆಟೆಕ್/ಮೆಡಕಾ, 2024). ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಿದ ದತ್ತಾಂಶ (ಇನ್ನು ಮುಂದೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ದತ್ತಾಂಶ ಎಂದು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ) ಮತ್ತು ಅಂತಿಮ ಸ್ವಚ್ಛಗೊಳಿಸಿದ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ನಂತರದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಬಳಸಲಾಯಿತು.
ವರ್ಗೀಕರಣ ವರ್ಗೀಕರಣಕ್ಕಾಗಿ, ಕ್ರಾಕನ್2 ಆವೃತ್ತಿ 2.1.2 (ವುಡ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2019) ಬಳಸಿ ಓದುವ ಮತ್ತು ಜೋಡಿಸುವ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಕ್ರಮವಾಗಿ ಓದುವ ಮತ್ತು ಅಸೆಂಬ್ಲಿಗಳಿಗಾಗಿ ವರದಿಗಳು ಮತ್ತು ಔಟ್‌ಪುಟ್ ಫೈಲ್‌ಗಳನ್ನು ರಚಿಸಿ. ಓದುವ ಮತ್ತು ಅಸೆಂಬ್ಲಿಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು –use-names ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಬಳಸಿ. ಓದುವ ವಿಭಾಗಗಳಿಗೆ –gzip-ಸಂಕುಚಿತ ಮತ್ತು –ಜೋಡಿಸಲಾದ ಆಯ್ಕೆಗಳನ್ನು ನಿರ್ದಿಷ್ಟಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಮೆಟಾಜಿನೋಮ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾದ ಸಾಪೇಕ್ಷ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಬ್ರಾಕನ್ ವಿ. 2.8 (ಲು ಮತ್ತು ಇತರರು, 2017) ಬಳಸಿ ಅಂದಾಜಿಸಲಾಗಿದೆ. ನಾವು ಮೊದಲು ಬ್ರಾಕನ್-ಬಿಲ್ಡ್ ಬಳಸಿ 1000 ಬೇಸ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ kmer ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಅನ್ನು ಈ ಕೆಳಗಿನ ನಿಯತಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ ರಚಿಸಿದ್ದೇವೆ: -d-k 35 -l 1000 ಒಮ್ಮೆ ನಿರ್ಮಿಸಿದ ನಂತರ, ಬ್ರಾಕೆನ್ kraken2 ನಿಂದ ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುವ ವರದಿಯನ್ನು ಆಧರಿಸಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಈ ಕೆಳಗಿನ ಆಯ್ಕೆಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಡೇಟಾವನ್ನು ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ: -d -I -O-ಪಿ 1000 -ಎಲ್

ಅವುಗಳಲ್ಲಿ, ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗುತ್ತಿರುವ ವರ್ಗೀಕರಣ ಮಟ್ಟವನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿ P, G ಅಥವಾ S ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ತಪ್ಪು ಧನಾತ್ಮಕ ವರ್ಗೀಕರಣಗಳ ಪರಿಣಾಮವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಲು, 1e-4 (1/10,000 ಓದುಗಳು) ನ ಕನಿಷ್ಠ ಸಾಪೇಕ್ಷ ಸಮೃದ್ಧಿಯ ಮಿತಿಯನ್ನು ಅಳವಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲಾಯಿತು. ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಮೊದಲು, ಬ್ರಾಕೆನ್ ವರದಿ ಮಾಡಿದ ಸಾಪೇಕ್ಷ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು (ಭಿನ್ನರಾಶಿ_ಒಟ್ಟು_ಓದುಗಳು) ಕೇಂದ್ರೀಕೃತ ಲಾಗ್-ಅನುಪಾತ (CLR) ರೂಪಾಂತರವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪರಿವರ್ತಿಸಲಾಯಿತು (ಐಚಿಸನ್, 1982). ಡೇಟಾ ರೂಪಾಂತರಕ್ಕಾಗಿ CLR ವಿಧಾನವನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ಸ್ಕೇಲ್-ಅಸ್ಥಿರವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ನಾನ್-ಸ್ಪಾರ್ಸ್ ಡೇಟಾಸೆಟ್‌ಗಳಿಗೆ ಸಾಕಾಗುತ್ತದೆ (ಗ್ಲೋರ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2017). CLR ರೂಪಾಂತರವು ನೈಸರ್ಗಿಕ ಲಾಗರಿಥಮ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಬ್ರಾಕೆನ್ ವರದಿ ಮಾಡಿದ ಎಣಿಕೆ ಡೇಟಾವನ್ನು ಸಾಪೇಕ್ಷ ಲಾಗ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ (RLE) (ಆಂಡರ್ಸ್ ಮತ್ತು ಹ್ಯೂಬರ್, 2010) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಮ್ಯಾಟ್‌ಪ್ಲೋಟ್‌ಲಿಬ್ v. 3.7.1, ಸೀಬಾರ್ನ್ v. 3.7.2 ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮ ಲಾಗರಿಥಮ್‌ಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಅಂಕಿಅಂಶಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ (ಗ್ಲೋರ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2017). 0.12.2 ಮತ್ತು ಸ್ಟ್ಯಾಂಟನೋಟೇಶನ್ಸ್ v. 0.5.0 (ಹಂಟರ್, 2007; ವಾಸ್ಕಾಮ್, 2021; ಚಾರ್ಲಿಯರ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2022). ಪ್ರತಿ ಮಾದರಿಗೆ ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಿಸಿದ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಎಣಿಕೆಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಬ್ಯಾಸಿಲಸ್/ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡೆಟ್ಸ್ ಅನುಪಾತವನ್ನು ಲೆಕ್ಕಹಾಕಲಾಗಿದೆ. ಕೋಷ್ಟಕಗಳಲ್ಲಿ ವರದಿ ಮಾಡಲಾದ ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು 4 ದಶಮಾಂಶ ಸ್ಥಾನಗಳಿಗೆ ದುಂಡಾದ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. ಸಿಂಪ್ಸನ್ ವೈವಿಧ್ಯತೆ ಸೂಚ್ಯಂಕವನ್ನು ಕ್ರಾಕನ್‌ಟೂಲ್ಸ್ v. 1.2 ಪ್ಯಾಕೇಜ್‌ನಲ್ಲಿ ಒದಗಿಸಲಾದ alpha_diversity.py ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್ ಬಳಸಿ ಲೆಕ್ಕಹಾಕಲಾಗಿದೆ (Lu ಮತ್ತು ಇತರರು, 2022). ಬ್ರಾಕೆನ್ ವರದಿಯನ್ನು ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್‌ನಲ್ಲಿ ಒದಗಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಸಿಂಪ್ಸನ್ ಸೂಚ್ಯಂಕ "Si" ಅನ್ನು -an ನಿಯತಾಂಕಕ್ಕಾಗಿ ಒದಗಿಸಲಾಗಿದೆ. ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಸರಾಸರಿ CLR ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳು ≥ 1 ಅಥವಾ ≤ -1 ಎಂದು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾಗಿದೆ. ±1 ರ ಸರಾಸರಿ CLR ವ್ಯತ್ಯಾಸವು ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರದ ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ 2.7 ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚಳವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. (+/-) ಚಿಹ್ನೆಯು ಕ್ರಮವಾಗಿ PPA ಮಾದರಿ ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಟ್ಯಾಕ್ಸನ್ ಹೆಚ್ಚು ಹೇರಳವಾಗಿದೆಯೇ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಮನ್-ವಿಟ್ನಿ ಯು ಪರೀಕ್ಷೆಯನ್ನು (ವಿರ್ಟನೆನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2020) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಮಹತ್ವವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲಾಯಿತು. ಅಂಕಿಅಂಶಗಳ ಮಾದರಿಗಳು v. 0.14 (ಬೆಂಜಾಮಿನಿ ಮತ್ತು ಹೊಚ್‌ಬರ್ಗ್, 1995; ಸೀಬೋಲ್ಡ್ ಮತ್ತು ಪರ್ಕ್‌ಟೋಲ್ಡ್, 2010) ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಯಿತು, ಮತ್ತು ಬಹು ಪರೀಕ್ಷೆಗಳಿಗೆ ಸರಿಪಡಿಸಲು ಬೆಂಜಮಿನಿ-ಹೊಚ್‌ಬರ್ಗ್ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನವನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸಲಾಯಿತು. ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಮಹತ್ವವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ p-ಮೌಲ್ಯ ≤ 0.05 ಅನ್ನು ಮಿತಿಯಾಗಿ ಬಳಸಲಾಯಿತು.
ಮರಂಗಾ ಮತ್ತು ಇತರರು (ಮರಂಗಾ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2023) ವಿವರಿಸಿದ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್‌ನ ಮಾರ್ಪಡಿಸಿದ ಆವೃತ್ತಿಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಜೀನ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮತ್ತು ಸಾಪೇಕ್ಷ ಸಮೃದ್ಧಿಯ ಅಂದಾಜನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು. ಮೊದಲನೆಯದಾಗಿ, SeqKit v. 2.5.1 (ಶೆನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2016) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಎಲ್ಲಾ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಗಳಿಂದ 500 bp ಗಿಂತ ಕಡಿಮೆ ಇರುವ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲಾಯಿತು. ನಂತರ ಆಯ್ದ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಗಳನ್ನು ಪ್ಯಾನ್-ಮೆಟಾಜೆನೋಮ್ ಆಗಿ ಸಂಯೋಜಿಸಲಾಯಿತು. ಈ ಕೆಳಗಿನ ನಿಯತಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಾಡಿಗಲ್ v. 1.0.1 (ಪ್ರಾಡಿಗಲ್ v. 2.6.3 ರ ಸಮಾನಾಂತರ ಆವೃತ್ತಿ) ಬಳಸಿ ತೆರೆದ ಓದುವ ಚೌಕಟ್ಟುಗಳನ್ನು (ORF ಗಳು) ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ: -d-ಎಫ್ ಜಿಎಫ್ಎಫ್-ಐ -O-T 24 -p meta -C 10000 (ಹೈಯೆಟ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2012; ಜೇನಿಕೆ, 2024). ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಬಂದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ ಫೈಲ್‌ಗಳನ್ನು ನಂತರ ಪೈಥಾನ್ ಬಳಸಿ ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಿ ಎಲ್ಲಾ ಅಪೂರ್ಣ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲಾಯಿತು. ನಂತರ CD-HIT v. 4.8.1 ಅನ್ನು ಈ ಕೆಳಗಿನ ನಿಯತಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಕ್ಲಸ್ಟರ್ ಮಾಡಲು ಬಳಸಲಾಯಿತು: cd-hit-est -i -O-c 0.95 -s 0.85 -aS 0.9 -n 10 -d 256 -M 350000 -T 24 -l 100 -g 1 (Fu et al., 2012). ಜೀನ್ ಸಮೃದ್ಧಿ ಮತ್ತು ಟಿಪ್ಪಣಿಯನ್ನು ಅಂದಾಜು ಮಾಡಲು ಉತ್ಪಾದಿಸಲಾದ ಅನಗತ್ಯ ಜೀನ್ ಕ್ಯಾಟಲಾಗ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಯಿತು. KMA v. 1.4.9 (ಕ್ಲಾಸೆನ್ et al., 2018) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಾಪೇಕ್ಷ ಜೀನ್ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಅಂದಾಜಿಸಲಾಗಿದೆ. ಮೊದಲು, ಈ ಕೆಳಗಿನ ನಿಯತಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ KMA ಸೂಚ್ಯಂಕವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸೂಚ್ಯಂಕ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸಿ: -i -Oನಂತರ, ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ ವಿಭಾಗದಲ್ಲಿ ವಿವರಿಸಿದಂತೆ ಪ್ರತಿ ಮಾದರಿಗೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಓದುವಿಕೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾದ ಸೂಚ್ಯಂಕವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, KMA ಅನ್ನು ಈ ಕೆಳಗಿನ ನಿಯತಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ ನಡೆಸಲಾಯಿತು: -i -O-ಟಿ_ಡಿಬಿ-bcNano -bc 0.7 -ef -t 24. ನಂತರ, CLR ಬಳಸಿ ಜೀನ್ ಎಣಿಕೆಗಳನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಸೈ-ಕಿಟ್ ಕಲಿಕೆಯ ಪ್ರಧಾನ ಘಟಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (PCA) ವರ್ಗವನ್ನು ಬಳಸಲಾಯಿತು (ಪೆಡ್ರೆಗೋಸಾ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2011). ಊಹಿಸಲಾದ ಜೀನ್ ಟಿಪ್ಪಣಿಯನ್ನು eggNOG v. 2.1.12 ರ emapper.py ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್ ಮತ್ತು eggNOG ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಆವೃತ್ತಿ 5.0.2 ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಅನಗತ್ಯ ಜೀನ್ ಕ್ಯಾಟಲಾಗ್‌ನಲ್ಲಿ ಈ ಕೆಳಗಿನ ನಿಯತಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ ನಡೆಸಲಾಯಿತು: –itype CDS –cpu 24 -i- ಡೇಟಾ ಕ್ಯಾಟಲಾಗ್–go_evidence ಎಲೆಕ್ಟ್ರಾನಿಕ್ ಅಲ್ಲದ – ಔಟ್‌ಪುಟ್– ಔಟ್‌ಪುಟ್ ಡೈರೆಕ್ಟರಿ–target_orthologs all –seed_ortholog_evalue 0.001 –seed_ortholog_score 60 –query_cover 20 –subject_cover 0 –translate –override –temp_dir(ಕ್ಯಾಂಟಲಾಪಿಡ್ರಾ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2021). ಸಾಕಷ್ಟು ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಕವರೇಜ್ ಮತ್ತು ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಗುರುತು (≥ 90%) ಮತ್ತು ಸಮೃದ್ಧಿ (ಆಳ ≥ 3) ಹೊಂದಿರುವ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲು KMA ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲಾಯಿತು. ಮೇಲೆ ವಿವರಿಸಿದಂತೆ CLR ಬಳಸಿ KMA ಆಳದ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಪರಿವರ್ತಿಸಲಾಯಿತು. ನಂತರ KMA ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿ ಜೀನ್‌ಗೆ ಕಾಂಟಿಗ್ ಮೂಲವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮತ್ತು ವರ್ಗೀಕರಣ ಫಲಿತಾಂಶಗಳಿಂದ ಕಾಂಟಿಗ್ ಐಡಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೋಲಿಸಲಾಯಿತು. ಟ್ಯಾಕ್ಸಾದಂತೆ, ಜೀನ್ ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಸರಾಸರಿ CLR ವ್ಯತ್ಯಾಸ ≥ 1 ಅಥವಾ ≤ -1 ಹೊಂದಿರುವ ಜೀನ್‌ಗಳು ಎಂದು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾಗಿದೆ, ಕ್ರಮವಾಗಿ PPA ಅಥವಾ ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಹೆಚ್ಚು ಹೇರಳವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುವ ಚಿಹ್ನೆ (+/-) ನೊಂದಿಗೆ.
ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಮೊದಲು ಕ್ಯೋಟೋ ಎನ್‌ಸೈಕ್ಲೋಪೀಡಿಯಾ ಆಫ್ ಜೀನ್ಸ್ ಅಂಡ್ ಜೀನೋಮ್ಸ್ (KEGG) ಆರ್ಥೋಲಾಗ್ (KO) ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಗಳ ಪ್ರಕಾರ ಗುಂಪು ಮಾಡಲಾಯಿತು, ಇದು ಜೀನ್ ಮಾರ್ಗ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಹೋಲಿಸಲು eggNOG ನಿಂದ ನಿಯೋಜಿಸಲಾಗಿದೆ. ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಮೊದಲು ನಾಕ್‌ಔಟ್‌ಗಳಿಲ್ಲದ ಜೀನ್‌ಗಳು ಅಥವಾ ಬಹು ನಾಕ್‌ಔಟ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲಾಯಿತು. ನಂತರ ಪ್ರತಿ ಮಾದರಿಗೆ ಪ್ರತಿ KO ನ ಸರಾಸರಿ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಲೆಕ್ಕಹಾಕಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು. PPA ಮೆಟಾಬಾಲಿಸಮ್ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು KEGG_Pathway ಕಾಲಮ್‌ನಲ್ಲಿ ko00640 ಸಾಲನ್ನು ನಿಗದಿಪಡಿಸಿದ ಯಾವುದೇ ಜೀನ್ ಎಂದು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದು KEGG ಪ್ರಕಾರ ಪ್ರೊಪಿಯೊನೇಟ್ ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಪಾತ್ರವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. PPA ಉತ್ಪಾದನೆಯೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿರುವ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಪೂರಕ ಕೋಷ್ಟಕ 1 ರಲ್ಲಿ ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ (ರೀಚಾರ್ಡ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2014; ಯಾಂಗ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2017). ಪ್ರತಿ ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರದಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚು ಹೇರಳವಾಗಿರುವ PPA ಮೆಟಾಬಾಲಿಸಮ್ ಮತ್ತು ಉತ್ಪಾದನಾ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆ ಪರೀಕ್ಷೆಗಳನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು. ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಿದ ಪ್ರತಿ ಜೀನ್‌ಗೆ ಒಂದು ಸಾವಿರ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು. ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಮಹತ್ವವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು 0.05 ರ p-ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ಕಟ್‌ಆಫ್ ಆಗಿ ಬಳಸಲಾಯಿತು. ಕ್ಲಸ್ಟರ್‌ನೊಳಗಿನ ಪ್ರತಿನಿಧಿ ಜೀನ್‌ಗಳ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಕ್ಲಸ್ಟರ್‌ನೊಳಗಿನ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಜೀನ್‌ಗಳಿಗೆ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಳನ್ನು ನಿಗದಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. PPA ಚಯಾಪಚಯ ಮತ್ತು/ಅಥವಾ PPA ಉತ್ಪಾದನೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾವನ್ನು ಕ್ರಾಕನ್2 ಔಟ್‌ಪುಟ್ ಫೈಲ್‌ಗಳಲ್ಲಿನ ಕಾಂಟಿಗ್ ಐಡಿಗಳನ್ನು ಎಗ್‌ಎನ್‌ಒಜಿ ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಉಳಿಸಿಕೊಂಡಿರುವ ಅದೇ ಕಾಂಟಿಗ್ ಐಡಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೊಂದಿಸುವ ಮೂಲಕ ಗುರುತಿಸಬಹುದು. ಹಿಂದೆ ವಿವರಿಸಿದ ಮನ್-ವಿಟ್ನಿ ಯು ಪರೀಕ್ಷೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಮಹತ್ವ ಪರೀಕ್ಷೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು. ಬೆಂಜಮಿನಿ-ಹಾಚ್‌ಬರ್ಗ್ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಬಹು ಪರೀಕ್ಷೆಗಳಿಗೆ ತಿದ್ದುಪಡಿಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು. ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಮಹತ್ವವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ≤ 0.05 ರ p-ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ಕಟ್‌ಆಫ್ ಆಗಿ ಬಳಸಲಾಯಿತು.
ಸಿಂಪ್ಸನ್ ವೈವಿಧ್ಯತೆ ಸೂಚ್ಯಂಕವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಇಲಿಗಳ ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸಲಾಯಿತು. ಕುಲ ಮತ್ತು ಜಾತಿಗಳ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ವಿಷಯದಲ್ಲಿ ನಿಯಂತ್ರಣ ಮತ್ತು PPA ಮಾದರಿಗಳ ನಡುವೆ ಯಾವುದೇ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳು ಕಂಡುಬಂದಿಲ್ಲ (ಕುಲಕ್ಕೆ p-ಮೌಲ್ಯ: 0.18, ಜಾತಿಗಳಿಗೆ p-ಮೌಲ್ಯ: 0.16) (ಚಿತ್ರ 1). ನಂತರ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ಪ್ರಧಾನ ಘಟಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (PCA) ಬಳಸಿ ಹೋಲಿಸಲಾಯಿತು. ಚಿತ್ರ 2 ಮಾದರಿಗಳ ಫೈಲಾ ಮೂಲಕ ಅವುಗಳ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ಅನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು PPA ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳ ನಡುವೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳ ಜಾತಿಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯಲ್ಲಿ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳಿವೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ಕುಲದ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆ ಉಚ್ಚರಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿತು, PPA ಕೆಲವು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುತ್ತದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ (ಪೂರಕ ಚಿತ್ರ 1).
ಚಿತ್ರ 1. ಮೌಸ್ ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಆಲ್ಫಾ ವೈವಿಧ್ಯತೆ ಮತ್ತು ಜಾತಿಗಳ ಸಂಯೋಜನೆ. ಪಿಪಿಎ ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಸಿಂಪ್ಸನ್ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಸೂಚ್ಯಂಕಗಳಾದ ಕುಲಗಳು (ಎ) ಮತ್ತು ಜಾತಿಗಳು (ಬಿ) ತೋರಿಸುವ ಬಾಕ್ಸ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಗಳು. ಮನ್-ವಿಟ್ನಿ ಯು ಪರೀಕ್ಷೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಮಹತ್ವವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಬೆಂಜಮಿನಿ-ಹಾಚ್‌ಬರ್ಗ್ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಬಹು ತಿದ್ದುಪಡಿಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು. ns, p-ಮೌಲ್ಯವು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿರಲಿಲ್ಲ (p>0.05).
ಚಿತ್ರ 2. ಜಾತಿಯ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಮೌಸ್ ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಪ್ರಧಾನ ಘಟಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು. ಪ್ರಧಾನ ಘಟಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಕಥಾವಸ್ತುವು ಅವುಗಳ ಮೊದಲ ಎರಡು ಪ್ರಧಾನ ಘಟಕಗಳಲ್ಲಿ ಮಾದರಿಗಳ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುತ್ತದೆ. ಬಣ್ಣಗಳು ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ: PPA- ಒಡ್ಡಿಕೊಂಡ ಇಲಿಗಳು ನೇರಳೆ ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣ ಇಲಿಗಳು ಹಳದಿ. ಪ್ರಧಾನ ಘಟಕಗಳು 1 ಮತ್ತು 2 ಅನ್ನು ಕ್ರಮವಾಗಿ x- ಅಕ್ಷ ಮತ್ತು y- ಅಕ್ಷದ ಮೇಲೆ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ವಿವರಿಸಿದ ವ್ಯತ್ಯಾಸ ಅನುಪಾತವಾಗಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
RLE ರೂಪಾಂತರಗೊಂಡ ಎಣಿಕೆ ಡೇಟಾವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ನಿಯಂತ್ರಣ ಮತ್ತು PPA ಇಲಿಗಳಲ್ಲಿ ಸರಾಸರಿ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡೀಟ್‌ಗಳು/ಬ್ಯಾಸಿಲ್ಲಿ ಅನುಪಾತದಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ಇಳಿಕೆ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ (ನಿಯಂತ್ರಣ: 9.66, PPA: 3.02; p-ಮೌಲ್ಯ = 0.0011). ನಿಯಂತ್ರಣ ಇಲಿಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ PPA ಇಲಿಗಳಲ್ಲಿ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡೀಟ್‌ಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಮೃದ್ಧಿಯಿಂದಾಗಿ ಈ ವ್ಯತ್ಯಾಸವು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ, ಆದಾಗ್ಯೂ ವ್ಯತ್ಯಾಸವು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿರಲಿಲ್ಲ (ನಿಯಂತ್ರಣ ಸರಾಸರಿ CLR: 5.51, PPA ಸರಾಸರಿ CLR: 6.62; p-ಮೌಲ್ಯ = 0.054), ಆದರೆ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡೀಟ್‌ಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿಯು ಹೋಲುತ್ತದೆ (ನಿಯಂತ್ರಣ ಸರಾಸರಿ CLR: 7.76, PPA ಸರಾಸರಿ CLR: 7.60; p-ಮೌಲ್ಯ = 0.18).
ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವರ್ಗೀಕರಣ ಸದಸ್ಯರ ಸಮೃದ್ಧಿಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು 1 ಫೈಲಮ್ ಮತ್ತು 77 ಪ್ರಭೇದಗಳು PPA ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳ ನಡುವೆ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಭಿನ್ನವಾಗಿವೆ ಎಂದು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು (ಪೂರಕ ಕೋಷ್ಟಕ 2). PPA ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ 59 ಪ್ರಭೇದಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿಯು ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳಿಗಿಂತ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಾಗಿದೆ, ಆದರೆ ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಕೇವಲ 16 ಪ್ರಭೇದಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿಯು PPA ಮಾದರಿಗಳಿಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ 3).
ಚಿತ್ರ 3. PPA ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣ ಇಲಿಗಳ ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯಲ್ಲಿ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾದ ವಿಭಿನ್ನ ಸಮೃದ್ಧಿ. ಜ್ವಾಲಾಮುಖಿ ಪ್ಲಾಟ್‌ಗಳು PPA ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳ ನಡುವಿನ ಕುಲ (A) ಅಥವಾ ಜಾತಿಗಳ (B) ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುತ್ತವೆ. ಬೂದು ಚುಕ್ಕೆಗಳು ಟ್ಯಾಕ್ಸಾ ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಯಾವುದೇ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ಸೂಚಿಸುವುದಿಲ್ಲ. ಬಣ್ಣದ ಚುಕ್ಕೆಗಳು ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ (p-ಮೌಲ್ಯ ≤ 0.05). ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರಗಳ ನಡುವಿನ ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಅತಿದೊಡ್ಡ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಟಾಪ್ 20 ಟ್ಯಾಕ್ಸಾಗಳನ್ನು ಕ್ರಮವಾಗಿ ಕೆಂಪು ಮತ್ತು ತಿಳಿ ನೀಲಿ (ನಿಯಂತ್ರಣ ಮತ್ತು PPA ಮಾದರಿಗಳು) ನಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಹಳದಿ ಮತ್ತು ನೇರಳೆ ಚುಕ್ಕೆಗಳು ನಿಯಂತ್ರಣಗಳಿಗಿಂತ ನಿಯಂತ್ರಣ ಅಥವಾ PPA ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಕನಿಷ್ಠ 2.7 ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚು ಹೇರಳವಾಗಿದ್ದವು. ಕಪ್ಪು ಚುಕ್ಕೆಗಳು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ವಿಭಿನ್ನ ಸಮೃದ್ಧಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ, -1 ಮತ್ತು 1 ರ ನಡುವಿನ ಸರಾಸರಿ CLR ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳೊಂದಿಗೆ. P ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು ಮನ್-ವಿಟ್ನಿ U ಪರೀಕ್ಷೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಲೆಕ್ಕಹಾಕಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಬೆಂಜಮಿನಿ-ಹಾಚ್‌ಬರ್ಗ್ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಬಹು ಪರೀಕ್ಷೆಗೆ ಸರಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ದಪ್ಪ ಸರಾಸರಿ CLR ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳು ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ.
ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಿದ ನಂತರ, ನಾವು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿಯನ್ನು ಮಾಡಿದ್ದೇವೆ. ಕಡಿಮೆ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಿದ ನಂತರ, ಎಲ್ಲಾ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಒಟ್ಟು 378,355 ವಿಶಿಷ್ಟ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ. ಈ ಜೀನ್‌ಗಳ ರೂಪಾಂತರಗೊಂಡ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಪ್ರಧಾನ ಘಟಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (PCA) ಗಾಗಿ ಬಳಸಲಾಯಿತು, ಮತ್ತು ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಅವುಗಳ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಪ್ರೊಫೈಲ್‌ಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಟ್ಟದ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ಅನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು (ಚಿತ್ರ 4).
ಚಿತ್ರ 4. ಮೌಸ್ ಗಟ್ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್‌ನ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪಿಸಿಎ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು. ಪಿಸಿಎ ಪ್ಲಾಟ್ ಅವುಗಳ ಮೊದಲ ಎರಡು ಪ್ರಮುಖ ಘಟಕಗಳಲ್ಲಿ ಮಾದರಿಗಳ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುತ್ತದೆ. ಬಣ್ಣಗಳು ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ: ಪಿಪಿಎ-ಒಡ್ಡಿಕೊಂಡ ಇಲಿಗಳು ನೇರಳೆ ಬಣ್ಣದ್ದಾಗಿರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣ ಇಲಿಗಳು ಹಳದಿ ಬಣ್ಣದ್ದಾಗಿರುತ್ತವೆ. ಪ್ರಧಾನ ಘಟಕಗಳು 1 ಮತ್ತು 2 ಅನ್ನು ಕ್ರಮವಾಗಿ x-ಅಕ್ಷ ಮತ್ತು y-ಅಕ್ಷದ ಮೇಲೆ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ವಿವರಿಸಿದ ವ್ಯತ್ಯಾಸ ಅನುಪಾತವಾಗಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
ಮುಂದೆ ನಾವು ವಿವಿಧ ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರಗಳಲ್ಲಿ KEGG ನಾಕ್‌ಔಟ್‌ಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಪರಿಶೀಲಿಸಿದ್ದೇವೆ. ಒಟ್ಟು 3648 ವಿಶಿಷ್ಟ ನಾಕ್‌ಔಟ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಯಿತು, ಅವುಗಳಲ್ಲಿ 196 ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚು ಮತ್ತು 106 PPA ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಹೇರಳವಾಗಿದ್ದವು (ಚಿತ್ರ 5). ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಒಟ್ಟು 145 ಜೀನ್‌ಗಳು ಮತ್ತು PPA ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ 61 ಜೀನ್‌ಗಳು ಪತ್ತೆಯಾಗಿವೆ, ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ವಿಭಿನ್ನ ಸಮೃದ್ಧಿಯೊಂದಿಗೆ. ಲಿಪಿಡ್ ಮತ್ತು ಅಮೈನೋಸಗರ್ ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಮಾರ್ಗಗಳು PPA ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚು ಸಮೃದ್ಧವಾಗಿವೆ (ಪೂರಕ ಕೋಷ್ಟಕ 3). ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಸಾರಜನಕ ಚಯಾಪಚಯ ಮತ್ತು ಸಲ್ಫರ್ ರಿಲೇ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಮಾರ್ಗಗಳು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚು ಸಮೃದ್ಧವಾಗಿವೆ (ಪೂರಕ ಕೋಷ್ಟಕ 3). ಅಮೈನೋಸಗರ್/ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆ (ko:K21279) ಮತ್ತು ಇನೋಸಿಟಾಲ್ ಫಾಸ್ಫೇಟ್ ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆ (ko:K07291) ಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿ PPA ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ 5). ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳು ಬೆಂಜೊಯೇಟ್ ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆ (ko:K22270), ಸಾರಜನಕ ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆ (ko:K00368), ಮತ್ತು ಗ್ಲೈಕೋಲಿಸಿಸ್/ಗ್ಲುಕೋನೋಜೆನೆಸಿಸ್ (ko:K00131) ಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದವು (ಚಿತ್ರ 5).
ಚಿತ್ರ 5. PPA ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣ ಇಲಿಗಳ ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯಲ್ಲಿ KO ಗಳ ವಿಭಿನ್ನ ಸಮೃದ್ಧಿ. ಜ್ವಾಲಾಮುಖಿ ಕಥಾವಸ್ತುವು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಗುಂಪುಗಳ (KOs) ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಚಿತ್ರಿಸುತ್ತದೆ. ಬೂದು ಚುಕ್ಕೆಗಳು ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರಗಳ ನಡುವೆ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಭಿನ್ನವಾಗಿರದ KO ಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ (p-ಮೌಲ್ಯ > 0.05). ಬಣ್ಣದ ಚುಕ್ಕೆಗಳು ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ (p-ಮೌಲ್ಯ ≤ 0.05). ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರಗಳ ನಡುವಿನ ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಅತಿದೊಡ್ಡ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ 20 KO ಗಳನ್ನು ಕ್ರಮವಾಗಿ ನಿಯಂತ್ರಣ ಮತ್ತು PPA ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿ ಕೆಂಪು ಮತ್ತು ತಿಳಿ ನೀಲಿ ಬಣ್ಣದಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಹಳದಿ ಮತ್ತು ನೇರಳೆ ಚುಕ್ಕೆಗಳು ಕ್ರಮವಾಗಿ ನಿಯಂತ್ರಣ ಮತ್ತು PPA ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಕನಿಷ್ಠ 2.7 ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚು ಹೇರಳವಾಗಿರುವ KO ಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ. ಕಪ್ಪು ಚುಕ್ಕೆಗಳು -1 ಮತ್ತು 1 ರ ನಡುವಿನ ಸರಾಸರಿ CLR ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳೊಂದಿಗೆ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ವಿಭಿನ್ನ ಸಮೃದ್ಧಿಗಳೊಂದಿಗೆ KO ಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ. P ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು ಮನ್-ವಿಟ್ನಿ U ಪರೀಕ್ಷೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಲೆಕ್ಕಹಾಕಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಬೆಂಜಮಿನಿ-ಹಾಚ್‌ಬರ್ಗ್ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಬಹು ಹೋಲಿಕೆಗಳಿಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ. KO KEGG ಯಲ್ಲಿ ಒಂದು ಮಾರ್ಗಕ್ಕೆ ಸೇರಿಲ್ಲ ಎಂದು NaN ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ದಪ್ಪ ಸರಾಸರಿ CLR ವ್ಯತ್ಯಾಸ ಮೌಲ್ಯಗಳು ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ. ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡಲಾದ KO ಗಳು ಯಾವ ಮಾರ್ಗಗಳಿಗೆ ಸೇರಿವೆ ಎಂಬುದರ ಕುರಿತು ವಿವರವಾದ ಮಾಹಿತಿಗಾಗಿ, ಪೂರಕ ಕೋಷ್ಟಕ 3 ನೋಡಿ.
ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾದ ಜೀನ್‌ಗಳಲ್ಲಿ, 1601 ಜೀನ್‌ಗಳು ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರಗಳ ನಡುವೆ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ವಿಭಿನ್ನ ಸಮೃದ್ಧಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದವು (p ≤ 0.05), ಪ್ರತಿ ಜೀನ್ ಕನಿಷ್ಠ 2.7 ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚು ಹೇರಳವಾಗಿತ್ತು. ಈ ಜೀನ್‌ಗಳಲ್ಲಿ, 4 ಜೀನ್‌ಗಳು ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಹೇರಳವಾಗಿದ್ದವು ಮತ್ತು 1597 ಜೀನ್‌ಗಳು PPA ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಹೇರಳವಾಗಿದ್ದವು. PPA ಆಂಟಿಮೈಕ್ರೊಬಿಯಲ್ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವುದರಿಂದ, ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರಗಳ ನಡುವೆ PPA ಚಯಾಪಚಯ ಮತ್ತು ಉತ್ಪಾದನಾ ಜೀನ್‌ಗಳ ಹೇರಳತೆಯನ್ನು ನಾವು ಪರಿಶೀಲಿಸಿದ್ದೇವೆ. 1332 PPA ಚಯಾಪಚಯ-ಸಂಬಂಧಿತ ಜೀನ್‌ಗಳಲ್ಲಿ, 27 ಜೀನ್‌ಗಳು ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚು ಹೇರಳವಾಗಿದ್ದವು ಮತ್ತು 12 ಜೀನ್‌ಗಳು PPA ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಹೇರಳವಾಗಿದ್ದವು. 223 PPA ಉತ್ಪಾದನೆ-ಸಂಬಂಧಿತ ಜೀನ್‌ಗಳಲ್ಲಿ, 1 ಜೀನ್ PPA ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚು ಹೇರಳವಾಗಿತ್ತು. ಚಿತ್ರ 6A ಪಿಪಿಎ ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಜೀನ್‌ಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುತ್ತದೆ, ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಮೃದ್ಧಿ ಮತ್ತು ದೊಡ್ಡ ಪರಿಣಾಮದ ಗಾತ್ರಗಳೊಂದಿಗೆ, ಆದರೆ ಚಿತ್ರ 6B ಪಿಪಿಎ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಎತ್ತಿ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
ಚಿತ್ರ 6. ಮೌಸ್ ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯಲ್ಲಿ PPA-ಸಂಬಂಧಿತ ಜೀನ್‌ಗಳ ವಿಭಿನ್ನ ಸಮೃದ್ಧಿ. ಜ್ವಾಲಾಮುಖಿ ಪ್ಲಾಟ್‌ಗಳು PPA ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆ (A) ಮತ್ತು PPA ಉತ್ಪಾದನೆ (B) ಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಚಿತ್ರಿಸುತ್ತದೆ. ಬೂದು ಚುಕ್ಕೆಗಳು ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರಗಳ ನಡುವೆ (p-ಮೌಲ್ಯ > 0.05) ಸಮೃದ್ಧಿಯು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಭಿನ್ನವಾಗಿರದ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ. ಬಣ್ಣದ ಚುಕ್ಕೆಗಳು ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ (p-ಮೌಲ್ಯ ≤ 0.05). ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಅತಿದೊಡ್ಡ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ 20 ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಕ್ರಮವಾಗಿ ಕೆಂಪು ಮತ್ತು ತಿಳಿ ನೀಲಿ (ನಿಯಂತ್ರಣ ಮತ್ತು PPA ಮಾದರಿಗಳು) ಬಣ್ಣದಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಹಳದಿ ಮತ್ತು ನೇರಳೆ ಚುಕ್ಕೆಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿಯು ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳಿಗಿಂತ ನಿಯಂತ್ರಣ ಮತ್ತು PPA ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಕನಿಷ್ಠ 2.7 ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚಾಗಿದೆ. ಕಪ್ಪು ಚುಕ್ಕೆಗಳು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ವಿಭಿನ್ನ ಸಮೃದ್ಧಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ, -1 ಮತ್ತು 1 ರ ನಡುವಿನ ಸರಾಸರಿ CLR ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳೊಂದಿಗೆ. P ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು ಮನ್-ವಿಟ್ನಿ U ಪರೀಕ್ಷೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಲೆಕ್ಕಹಾಕಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಬೆಂಜಮಿನಿ-ಹಾಚ್‌ಬರ್ಗ್ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಬಹು ಹೋಲಿಕೆಗಳಿಗೆ ಸರಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಜೀನ್‌ಗಳು ಅನಗತ್ಯ ಜೀನ್ ಕ್ಯಾಟಲಾಗ್‌ನಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿನಿಧಿ ಜೀನ್‌ಗಳಿಗೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿರುತ್ತವೆ. ಜೀನ್ ಹೆಸರುಗಳು KO ಜೀನ್ ಅನ್ನು ಸೂಚಿಸುವ KEGG ಚಿಹ್ನೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತವೆ. ದಪ್ಪ ಸರಾಸರಿ CLR ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ವಿಭಿನ್ನ ಸಮೃದ್ಧಿಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ. ಡ್ಯಾಶ್ (-) KEGG ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಜೀನ್‌ಗೆ ಯಾವುದೇ ಚಿಹ್ನೆ ಇಲ್ಲ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.
ಪಿಪಿಎ ಚಯಾಪಚಯ ಮತ್ತು/ಅಥವಾ ಉತ್ಪಾದನೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾವನ್ನು ಜೀನ್‌ನ ಕಾಂಟಿಗ್ ಐಡಿಯೊಂದಿಗೆ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳ ವರ್ಗೀಕರಣದ ಗುರುತನ್ನು ಹೊಂದಿಸುವ ಮೂಲಕ ಗುರುತಿಸಲಾಯಿತು. ಕುಲ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ, 130 ಕುಲಗಳು ಪಿಪಿಎ ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವುದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ ಮತ್ತು 61 ಕುಲಗಳು ಪಿಪಿಎ ಉತ್ಪಾದನೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವುದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ (ಪೂರಕ ಕೋಷ್ಟಕ 4). ಆದಾಗ್ಯೂ, ಯಾವುದೇ ಕುಲಗಳು ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಲಿಲ್ಲ (ಪುಟ > 0.05).
ಜಾತಿಗಳ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ, 144 ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಪ್ರಭೇದಗಳು PPA ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ ಮತ್ತು 68 ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಪ್ರಭೇದಗಳು PPA ಉತ್ಪಾದನೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ ಎಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ (ಪೂರಕ ಕೋಷ್ಟಕ 5). PPA ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುವ ಎಂಟು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳು ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರಗಳ ನಡುವೆ ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ಹೆಚ್ಚಳವನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು ಮತ್ತು ಎಲ್ಲವೂ ಪರಿಣಾಮದಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು (ಪೂರಕ ಕೋಷ್ಟಕ 6). ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಎಲ್ಲಾ ಗುರುತಿಸಲಾದ PPA ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಗಳು PPA ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಹೇರಳವಾಗಿವೆ. ಪ್ರಭೇದಗಳ ಮಟ್ಟದ ವರ್ಗೀಕರಣವು ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರಗಳ ನಡುವೆ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಭಿನ್ನವಾಗಿರದ ತಳಿಗಳ ಪ್ರತಿನಿಧಿಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು, ಇದರಲ್ಲಿ ಹಲವಾರು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ರುಮಿನೋಕೊಕಸ್ ಪ್ರಭೇದಗಳು, ಹಾಗೆಯೇ ಡಂಕನಿಯಾ ಡುಬೊಯಿಸ್, ಮೈಕ್ಸೊಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಎಂಟೆರಿಕಾ, ಮೊನೊಕೊಕಸ್ ಪೆಕ್ಟಿನೊಲಿಟಿಕಸ್ ಮತ್ತು ಅಲ್ಕಾಲಿಜೆನ್ಸ್ ಪಾಲಿಮಾರ್ಫಾ ಸೇರಿವೆ. PPA-ಉತ್ಪಾದಿಸುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳಲ್ಲಿ, ನಾಲ್ಕು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳು ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರಗಳ ನಡುವೆ ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು. ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡ್‌ಗಳು ನೊವೊರೊಸ್ಸಿ, ಡಂಕನಿಯಾ ಡುಬೊಯಿಸ್, ಮೈಕ್ಸೊಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಎಂಟೆರಿಟಿಡಿಸ್ ಮತ್ತು ರುಮಿನೋಕೊಕಸ್ ಬೋವಿಸ್ ಸೇರಿವೆ.
ಈ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ, ಇಲಿಗಳ ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಮೇಲೆ PPA ಒಡ್ಡಿಕೊಳ್ಳುವಿಕೆಯ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ನಾವು ಪರಿಶೀಲಿಸಿದ್ದೇವೆ. PPA ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಲ್ಲಿ ವಿಭಿನ್ನ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಉಂಟುಮಾಡಬಹುದು ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ಕೆಲವು ಜಾತಿಗಳಿಂದ ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುತ್ತದೆ, ಇತರ ಜಾತಿಗಳಿಂದ ಆಹಾರ ಮೂಲವಾಗಿ ಬಳಸಲ್ಪಡುತ್ತದೆ ಅಥವಾ ಆಂಟಿಮೈಕ್ರೊಬಿಯಲ್ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಆಹಾರ ಪೂರಕಗಳ ಮೂಲಕ ಕರುಳಿನ ಪರಿಸರಕ್ಕೆ ಅದರ ಸೇರ್ಪಡೆಯು ಸಹಿಷ್ಣುತೆ, ಒಳಗಾಗುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಅದನ್ನು ಪೋಷಕಾಂಶದ ಮೂಲವಾಗಿ ಬಳಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿ ವಿಭಿನ್ನ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರಬಹುದು. ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಪ್ರಭೇದಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಬಹುದು ಮತ್ತು PPA ಗೆ ಹೆಚ್ಚು ನಿರೋಧಕವಾಗಿರುವ ಅಥವಾ ಅದನ್ನು ಆಹಾರ ಮೂಲವಾಗಿ ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುವಂತಹವುಗಳಿಂದ ಬದಲಾಯಿಸಬಹುದು, ಇದು ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆಯಲ್ಲಿ ಬದಲಾವಣೆಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ನಮ್ಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆಯಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿದವು ಆದರೆ ಒಟ್ಟಾರೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಮೇಲೆ ಯಾವುದೇ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುವುದಿಲ್ಲ. ಜಾತಿಗಳ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಅತಿದೊಡ್ಡ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ಗಮನಿಸಲಾಯಿತು, PPA ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳ ನಡುವೆ ಹೇರಳವಾಗಿ 70 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಟ್ಯಾಕ್ಸಾಗಳು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಭಿನ್ನವಾಗಿವೆ (ಪೂರಕ ಕೋಷ್ಟಕ 2). PPA- ಒಡ್ಡಿಕೊಂಡ ಮಾದರಿಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನವು ಒಡ್ಡಿಕೊಳ್ಳದ ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಪ್ರಭೇದಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು, PPA ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು PPA- ಸಮೃದ್ಧ ಪರಿಸರದಲ್ಲಿ ಬದುಕಬಲ್ಲ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಮಿತಿಗೊಳಿಸಬಹುದು ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಹೀಗಾಗಿ, ಪಿಪಿಎ ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ವ್ಯಾಪಕ ಅಡ್ಡಿಯನ್ನು ಉಂಟುಮಾಡುವ ಬದಲು ಆಯ್ದ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಉಂಟುಮಾಡಬಹುದು.
PPA ನಂತಹ ಆಹಾರ ಸಂರಕ್ಷಕಗಳು ಒಟ್ಟಾರೆ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರದೆ ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಘಟಕಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ಈ ಹಿಂದೆ ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ (ನಾಗ್ಪಾಲ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2021). ಇಲ್ಲಿ, ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡೀಟ್ಸ್ (ಹಿಂದೆ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡೀಟ್ಸ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತಿತ್ತು) ಫೈಲಮ್‌ನೊಳಗಿನ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡೀಟ್ಸ್ ಜಾತಿಗಳ ನಡುವಿನ ಅತ್ಯಂತ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ನಾವು ಗಮನಿಸಿದ್ದೇವೆ, ಇವು PPA-ಒಳಗೊಂಡ ಇಲಿಗಳಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಸಮೃದ್ಧವಾಗಿವೆ. ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡೀಸ್ ಜಾತಿಗಳ ಹೆಚ್ಚಿದ ಸಮೃದ್ಧಿಯು ಹೆಚ್ಚಿದ ಲೋಳೆಯ ಅವನತಿಯೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ, ಇದು ಸೋಂಕಿನ ಅಪಾಯವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಉರಿಯೂತವನ್ನು ಉತ್ತೇಜಿಸುತ್ತದೆ (ಕಾರ್ನಿಕ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2015; ದೇಸಾಯಿ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2016; ಪೆನ್ಜೋಲ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2019). ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡೀಸ್ ಫ್ರಾಜಿಲಿಸ್‌ನಿಂದ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ಪಡೆದ ನವಜಾತ ಗಂಡು ಇಲಿಗಳು ಆಟಿಸಂ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರಮ್ ಡಿಸಾರ್ಡರ್ (ASD) ಅನ್ನು ನೆನಪಿಸುವ ಸಾಮಾಜಿಕ ನಡವಳಿಕೆಗಳನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ಒಂದು ಅಧ್ಯಯನವು ಕಂಡುಹಿಡಿದಿದೆ (ಕಾರ್ಮೆಲ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2023), ಮತ್ತು ಇತರ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡೀಸ್ ಪ್ರಭೇದಗಳು ರೋಗನಿರೋಧಕ ಚಟುವಟಿಕೆಯನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಸ್ವಯಂ ನಿರೋಧಕ ಉರಿಯೂತದ ಕಾರ್ಡಿಯೊಮಯೋಪತಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು ಎಂದು ತೋರಿಸಿವೆ (ಗಿಲ್-ಕ್ರೂಜ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2019). PPA ಗೆ ಒಡ್ಡಿಕೊಂಡ ಇಲಿಗಳಲ್ಲಿ ರುಮಿನೊಕೊಕಸ್, ಪ್ರಿವೊಟೆಲ್ಲಾ ಮತ್ತು ಪ್ಯಾರಾಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡ್‌ಗಳ ಕುಲಕ್ಕೆ ಸೇರಿದ ಪ್ರಭೇದಗಳು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಾದವು (ಕೊರೆಟ್ಟಿ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2018). ಕೆಲವು ರುಮಿನೊಕೊಕಸ್ ಪ್ರಭೇದಗಳು ಉರಿಯೂತದ ಸೈಟೊಕಿನ್‌ಗಳ ಉತ್ಪಾದನೆಯ ಮೂಲಕ ಕ್ರೋನ್ಸ್ ಕಾಯಿಲೆಯಂತಹ ಕಾಯಿಲೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿವೆ (ಹೆಂಕೆ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2019), ಆದರೆ ಪ್ರಿವೊಟೆಲ್ಲಾ ಹುಮಾನಿಯಂತಹ ಪ್ರಿವೊಟೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳು ಅಧಿಕ ರಕ್ತದೊತ್ತಡ ಮತ್ತು ಇನ್ಸುಲಿನ್ ಸಂವೇದನೆಯಂತಹ ಚಯಾಪಚಯ ಕಾಯಿಲೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿವೆ (ಪೆಡರ್ಸೆನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2016; ಲಿ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2017). ಅಂತಿಮವಾಗಿ, ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡ್‌ಗಳ (ಹಿಂದೆ ಫರ್ಮಿಕ್ಯೂಟ್ಸ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತಿತ್ತು) ಅನುಪಾತವು ನಿಯಂತ್ರಣ ಇಲಿಗಳಿಗಿಂತ ಪಿಪಿಎ-ಒಡ್ಡಿದ ಇಲಿಗಳಲ್ಲಿ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡ್‌ಗಳ ಜಾತಿಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಒಟ್ಟು ಸಮೃದ್ಧಿಯಿಂದಾಗಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಕಡಿಮೆಯಾಗಿದೆ ಎಂದು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ. ಈ ಅನುಪಾತವು ಕರುಳಿನ ಹೋಮಿಯೋಸ್ಟಾಸಿಸ್‌ನ ಪ್ರಮುಖ ಸೂಚಕವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಈ ಹಿಂದೆ ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ, ಮತ್ತು ಈ ಅನುಪಾತದಲ್ಲಿನ ಅಡಚಣೆಗಳು ವಿವಿಧ ರೋಗ ಸ್ಥಿತಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿವೆ (ಟರ್ಪಿನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2016; ಟಕೆಜಾವಾ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2021; ಆನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2023), ಇದರಲ್ಲಿ ಉರಿಯೂತದ ಕರುಳಿನ ಕಾಯಿಲೆಗಳು ಸೇರಿವೆ (ಸ್ಟೋಜಾನೋವ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2020). ಒಟ್ಟಾರೆಯಾಗಿ, ಫೈಲಮ್ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡೆಟ್‌ಗಳ ಪ್ರಭೇದಗಳು ಹೆಚ್ಚಿನ ಆಹಾರ ಪಿಪಿಎಯಿಂದ ಹೆಚ್ಚು ಪ್ರಭಾವಿತವಾಗಿವೆ. ಇದು ಪಿಪಿಎಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಹಿಷ್ಣುತೆ ಅಥವಾ ಪಿಪಿಎ ಅನ್ನು ಶಕ್ತಿಯ ಮೂಲವಾಗಿ ಬಳಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯದಿಂದಾಗಿರಬಹುದು, ಇದು ಕನಿಷ್ಠ ಒಂದು ಜಾತಿಯಾದ ಹೊಯ್ಲೆಸೆಲ್ಲಾ ಎನೋಸಿಯಾ (ಹಿಚ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2022) ಗೆ ನಿಜವೆಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಪರ್ಯಾಯವಾಗಿ, ತಾಯಿಯ ಪಿಪಿಎ ಮಾನ್ಯತೆ ಇಲಿ ಸಂತತಿಯ ಕರುಳನ್ನು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡೆಟ್‌ಗಳ ವಸಾಹತುಶಾಹಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ಒಳಗಾಗುವಂತೆ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಭ್ರೂಣದ ಬೆಳವಣಿಗೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಬಹುದು; ಆದಾಗ್ಯೂ, ನಮ್ಮ ಅಧ್ಯಯನ ವಿನ್ಯಾಸವು ಅಂತಹ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನವನ್ನು ಅನುಮತಿಸಲಿಲ್ಲ.
ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ವಿಷಯದ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನವು PPA ಚಯಾಪಚಯ ಮತ್ತು ಉತ್ಪಾದನೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು, PPA-ಒಳಗೊಂಡ ಇಲಿಗಳು PPA ಉತ್ಪಾದನೆಗೆ ಕಾರಣವಾದ ಜೀನ್‌ಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಿದವು, ಆದರೆ PPA-ಒಳಗೊಂಡಿರದ ಇಲಿಗಳು PAA ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಗೆ ಕಾರಣವಾದ ಜೀನ್‌ಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಿದವು (ಚಿತ್ರ 6). ಈ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಮೇಲೆ PPA ಯ ಪರಿಣಾಮವು ಅದರ ಬಳಕೆಯಿಂದ ಮಾತ್ರ ಉಂಟಾಗಿರಬಾರದು ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ, ಇಲ್ಲದಿದ್ದರೆ PPA ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿಯು PPA-ಒಳಗೊಂಡ ಇಲಿಗಳ ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ತೋರಿಸಿರಬೇಕು. ಒಂದು ವಿವರಣೆಯೆಂದರೆ PPA ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಪ್ರಾಥಮಿಕವಾಗಿ ಅದರ ಆಂಟಿಮೈಕ್ರೊಬಿಯಲ್ ಪರಿಣಾಮಗಳ ಮೂಲಕ ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆ ವಹಿಸುತ್ತದೆ, ಬದಲಿಗೆ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾವು ಪೋಷಕಾಂಶವಾಗಿ ಬಳಸುವುದರ ಮೂಲಕ. ಹಿಂದಿನ ಅಧ್ಯಯನಗಳು PPA ಸಾಲ್ಮೊನೆಲ್ಲಾ ಟೈಫಿಮುರಿಯಮ್‌ನ ಬೆಳವಣಿಗೆಯನ್ನು ಡೋಸ್-ಅವಲಂಬಿತ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿವೆ (ಜಾಕೋಬ್ಸನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2018). PPA ಯ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಾಂದ್ರತೆಗಳಿಗೆ ಒಡ್ಡಿಕೊಳ್ಳುವುದರಿಂದ ಅದರ ಆಂಟಿಮೈಕ್ರೊಬಿಯಲ್ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳಿಗೆ ನಿರೋಧಕವಾಗಿರುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳಿಗೆ ಆಯ್ಕೆಯಾಗಬಹುದು ಮತ್ತು ಅದನ್ನು ಚಯಾಪಚಯಗೊಳಿಸಲು ಅಥವಾ ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗದಿರಬಹುದು. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಹಲವಾರು ಪ್ಯಾರಾಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡ್ ಪ್ರಭೇದಗಳು PPA ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು, ಆದರೆ PPA ಚಯಾಪಚಯ ಅಥವಾ ಉತ್ಪಾದನೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಯಾವುದೇ ಜೀನ್‌ಗಳು ಪತ್ತೆಯಾಗಿಲ್ಲ (ಪೂರಕ ಕೋಷ್ಟಕಗಳು 2, 4, ಮತ್ತು 5). ಇದಲ್ಲದೆ, ಹುದುಗುವಿಕೆಯ ಉಪಉತ್ಪನ್ನವಾಗಿ PPA ಉತ್ಪಾದನೆಯು ವಿವಿಧ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ವಿತರಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ (ಗೊನ್ಜಾಲೆಜ್-ಗಾರ್ಸಿಯಾ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2017). ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ PPA ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಮೃದ್ಧಿಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯು ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು (ಅವೆರಿನಾ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2020). ಇದಲ್ಲದೆ, 1332 ಜೀನ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಕೇವಲ 27 (2.14%) ಮಾತ್ರ PPA ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಗೆ ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳಾಗಿವೆ ಎಂದು ಊಹಿಸಲಾಗಿದೆ. PPA ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಅನೇಕ ಜೀನ್‌ಗಳು ಇತರ ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಯ ಮಾರ್ಗಗಳಲ್ಲಿಯೂ ಸಹ ತೊಡಗಿಸಿಕೊಂಡಿವೆ. PPA ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಜೀನ್‌ಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿಯು ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿದೆ ಎಂದು ಇದು ಮತ್ತಷ್ಟು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ; ಈ ಜೀನ್‌ಗಳು PPA ಬಳಕೆ ಅಥವಾ ಉಪಉತ್ಪನ್ನವಾಗಿ ರಚನೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗದ ಮಾರ್ಗಗಳಲ್ಲಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸಬಹುದು. ಈ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ, PPA ಉತ್ಪಾದನೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಒಂದು ಜೀನ್ ಮಾತ್ರ ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರಗಳ ನಡುವಿನ ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿದೆ. PPA ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳಿಗೆ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿ, PPA ಉತ್ಪಾದನೆಗೆ ಮಾರ್ಕರ್ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಅವು PPA ಉತ್ಪಾದನೆಗೆ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಮಾರ್ಗದಲ್ಲಿ ನೇರವಾಗಿ ತೊಡಗಿಸಿಕೊಂಡಿವೆ. PPA-ಒಳಗೊಂಡ ಇಲಿಗಳಲ್ಲಿ, ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳು PPA ಉತ್ಪಾದಿಸುವ ಸಮೃದ್ಧಿ ಮತ್ತು ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿಸಿವೆ ಎಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. PPAಗಳು PPA ಉತ್ಪಾದಕರನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ PPA ಉತ್ಪಾದನಾ ಸಾಮರ್ಥ್ಯ ಹೆಚ್ಚಾಗುತ್ತದೆ ಎಂದು ಊಹಿಸುತ್ತವೆ ಎಂಬ ಭವಿಷ್ಯವಾಣಿಯನ್ನು ಇದು ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಜೀನ್ ಸಮೃದ್ಧಿಯು ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯೊಂದಿಗೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿಲ್ಲ; ಹೀಗಾಗಿ, PPA ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿಯು ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿದ್ದರೂ, ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ದರವು ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿರಬಹುದು (ಶಿ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2014). PPA-ಉತ್ಪಾದಿಸುವ ಜೀನ್‌ಗಳ ಹರಡುವಿಕೆ ಮತ್ತು PPA ಉತ್ಪಾದನೆಯ ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ದೃಢೀಕರಿಸಲು, PPA ಉತ್ಪಾದನೆಯಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಜೀನ್‌ಗಳ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಅಗತ್ಯವಿದೆ.
PPA ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣ ಮೆಟಾಜಿನೋಮ್‌ಗಳ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಕೆಲವು ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು. ಜೀನ್ ವಿಷಯದ PCA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು PPA ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳ ನಡುವಿನ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಕ್ಲಸ್ಟರ್‌ಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು (ಚಿತ್ರ 5). ಮಾದರಿಯೊಳಗಿನ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ನಿಯಂತ್ರಣ ಜೀನ್ ಅಂಶವು ಹೆಚ್ಚು ವೈವಿಧ್ಯಮಯವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು, ಆದರೆ PPA ಮಾದರಿಗಳು ಒಟ್ಟಿಗೆ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ಆಗಿವೆ. ಜೀನ್ ವಿಷಯದ ಮೂಲಕ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ಜಾತಿಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯಿಂದ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್‌ಗೆ ಹೋಲಿಸಬಹುದು. ಹೀಗಾಗಿ, ಮಾರ್ಗದ ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳು ಅವುಗಳೊಳಗಿನ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಜಾತಿಗಳು ಮತ್ತು ತಳಿಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿನ ಬದಲಾವಣೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಸ್ಥಿರವಾಗಿರುತ್ತವೆ. PPA ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ, ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಎರಡು ಮಾರ್ಗಗಳು ಅಮಿನೋಸಗರ್/ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ ಸಕ್ಕರೆ ಚಯಾಪಚಯ (ko:K21279) ಮತ್ತು ಬಹು ಲಿಪಿಡ್ ಚಯಾಪಚಯ ಮಾರ್ಗಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿವೆ (ko:K00647, ko:K03801; ಪೂರಕ ಕೋಷ್ಟಕ 3). ko:K21279 ಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳು PPA ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಜಾತಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಕುಲಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಾದ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡ್ಸ್ ಕುಲದೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿವೆ ಎಂದು ತಿಳಿದುಬಂದಿದೆ. ಈ ಕಿಣ್ವವು ಕ್ಯಾಪ್ಸುಲರ್ ಪಾಲಿಸ್ಯಾಕರೈಡ್‌ಗಳನ್ನು ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸುವ ಮೂಲಕ ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ತಪ್ಪಿಸಬಹುದು (ವಾಂಗ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2008). ಇದು PPA-ಒಳಗೊಂಡ ಇಲಿಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡೀಟ್‌ಗಳ ಹೆಚ್ಚಳಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ಇದು PPA ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಹೆಚ್ಚಿದ ಕೊಬ್ಬಿನಾಮ್ಲ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಪೂರಕವಾಗಿದೆ. ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳು ಕೊಬ್ಬಿನಾಮ್ಲಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು FASIIko:K00647 (fabB) ಮಾರ್ಗವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತವೆ, ಇದು ಆತಿಥೇಯ ಚಯಾಪಚಯ ಮಾರ್ಗಗಳ ಮೇಲೆ ಪ್ರಭಾವ ಬೀರಬಹುದು (Yao and Rock, 2015; Johnson et al., 2020), ಮತ್ತು ಲಿಪಿಡ್ ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿನ ಬದಲಾವಣೆಗಳು ನರಗಳ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಪಾತ್ರವಹಿಸಬಹುದು (Yu et al., 2020). PPA ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿದ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ತೋರಿಸುವ ಮತ್ತೊಂದು ಮಾರ್ಗವೆಂದರೆ ಸ್ಟೀರಾಯ್ಡ್ ಹಾರ್ಮೋನ್ ಜೈವಿಕ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆ (ko:K12343). ಕರುಳಿನ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಟಾ ಹಾರ್ಮೋನ್ ಮಟ್ಟವನ್ನು ಪ್ರಭಾವಿಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯ ಮತ್ತು ಹಾರ್ಮೋನುಗಳಿಂದ ಪ್ರಭಾವಿತವಾಗುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯದ ನಡುವೆ ವಿಲೋಮ ಸಂಬಂಧವಿದೆ ಎಂಬುದಕ್ಕೆ ಹೆಚ್ಚುತ್ತಿರುವ ಪುರಾವೆಗಳಿವೆ, ಅಂದರೆ ಎತ್ತರದ ಸ್ಟೀರಾಯ್ಡ್ ಮಟ್ಟಗಳು ಕೆಳಮುಖ ಆರೋಗ್ಯ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ಉಂಟುಮಾಡಬಹುದು (Tetel et al., 2018).
ಈ ಅಧ್ಯಯನವು ಮಿತಿಗಳು ಮತ್ತು ಪರಿಗಣನೆಗಳಿಲ್ಲದೆಯೇ ಅಲ್ಲ. ಒಂದು ಪ್ರಮುಖ ವ್ಯತ್ಯಾಸವೆಂದರೆ ನಾವು ಪ್ರಾಣಿಗಳ ಶಾರೀರಿಕ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನಗಳನ್ನು ನಡೆಸಲಿಲ್ಲ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯಲ್ಲಿನ ಬದಲಾವಣೆಗಳು ಯಾವುದೇ ಕಾಯಿಲೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿವೆಯೇ ಎಂದು ನೇರವಾಗಿ ತೀರ್ಮಾನಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ. ಇನ್ನೊಂದು ಪರಿಗಣನೆಯೆಂದರೆ, ಈ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ ಇಲಿಗಳಿಗೆ ಅವುಗಳ ತಾಯಂದಿರಂತೆಯೇ ಅದೇ ಆಹಾರವನ್ನು ನೀಡಲಾಯಿತು. ಭವಿಷ್ಯದ ಅಧ್ಯಯನಗಳು PPA-ಭರಿತ ಆಹಾರದಿಂದ PPA-ಮುಕ್ತ ಆಹಾರಕ್ಕೆ ಬದಲಾಯಿಸುವುದರಿಂದ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಮೇಲೆ ಅದರ ಪರಿಣಾಮಗಳು ಸುಧಾರಿಸುತ್ತವೆಯೇ ಎಂದು ನಿರ್ಧರಿಸಬಹುದು. ನಮ್ಮ ಅಧ್ಯಯನದ ಒಂದು ಮಿತಿ, ಇತರ ಹಲವು ವಿಷಯಗಳಂತೆ, ಸೀಮಿತ ಮಾದರಿ ಗಾತ್ರವಾಗಿದೆ. ಮಾನ್ಯ ತೀರ್ಮಾನಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳಬಹುದಾದರೂ, ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುವಾಗ ದೊಡ್ಡ ಮಾದರಿ ಗಾತ್ರವು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಶಕ್ತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯಲ್ಲಿನ ಬದಲಾವಣೆಗಳು ಮತ್ತು ಯಾವುದೇ ಕಾಯಿಲೆಯ ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧದ ಬಗ್ಗೆ ತೀರ್ಮಾನಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುವ ಬಗ್ಗೆ ನಾವು ಜಾಗರೂಕರಾಗಿದ್ದೇವೆ (ಯಾಪ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2021). ವಯಸ್ಸು, ಲಿಂಗ ಮತ್ತು ಆಹಾರ ಸೇರಿದಂತೆ ಗೊಂದಲಮಯ ಅಂಶಗಳು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಪ್ರಭಾವಿಸುತ್ತವೆ. ಸಂಕೀರ್ಣ ಕಾಯಿಲೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಬಂಧದ ಬಗ್ಗೆ ಸಾಹಿತ್ಯದಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಅಸಂಗತತೆಗಳನ್ನು ಈ ಅಂಶಗಳು ವಿವರಿಸಬಹುದು (ಜಾನ್ಸನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2019; ಲಗೋಡ್ ಮತ್ತು ನೇಸರ್, 2023). ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ASD ಇರುವ ಪ್ರಾಣಿಗಳು ಮತ್ತು ಮಾನವರಲ್ಲಿ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡೆಟ್ಸ್ ಕುಲದ ಸದಸ್ಯರು ಹೆಚ್ಚಾಗಿದ್ದಾರೆ ಅಥವಾ ಕಡಿಮೆಯಾಗಿದ್ದಾರೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ (ಏಂಜೆಲಿಸ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2013; ಕುಶಾಕ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2017). ಅದೇ ರೀತಿ, ಉರಿಯೂತದ ಕರುಳಿನ ಕಾಯಿಲೆಗಳ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ ಕರುಳಿನ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಒಂದೇ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಳ ಮತ್ತು ಇಳಿಕೆ ಎರಡನ್ನೂ ಕಂಡುಕೊಂಡಿವೆ (ವಾಲ್ಟರ್ಸ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2014; ಫೋರ್ಬ್ಸ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2018; ಉಪಾಧ್ಯಾಯ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2023). ಲಿಂಗ ಪಕ್ಷಪಾತದ ಪರಿಣಾಮವನ್ನು ಮಿತಿಗೊಳಿಸಲು, ನಾವು ಲಿಂಗಗಳ ಸಮಾನ ಪ್ರಾತಿನಿಧ್ಯವನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಪ್ರಯತ್ನಿಸಿದ್ದೇವೆ ಆದ್ದರಿಂದ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳು ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಆಹಾರದಿಂದ ನಡೆಸಲ್ಪಡುತ್ತವೆ. ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿಯ ಒಂದು ಸವಾಲು ಅನಗತ್ಯ ಜೀನ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುವುದು. ನಮ್ಮ ಜೀನ್ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ವಿಧಾನಕ್ಕೆ 95% ಅನುಕ್ರಮ ಗುರುತು ಮತ್ತು 85% ಉದ್ದದ ಹೋಲಿಕೆ, ಹಾಗೆಯೇ ಸುಳ್ಳು ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ಅನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲು 90% ಜೋಡಣೆ ವ್ಯಾಪ್ತಿ ಅಗತ್ಯವಿದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಕೆಲವು ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ, ನಾವು ಒಂದೇ ರೀತಿಯ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಳೊಂದಿಗೆ COG ಗಳನ್ನು ಗಮನಿಸಿದ್ದೇವೆ (ಉದಾ, MUT) (ಚಿತ್ರ 6). ಈ ಆರ್ಥೋಲಾಗ್‌ಗಳು ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿವೆಯೇ, ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಕುಲಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿವೆಯೇ ಅಥವಾ ಇದು ಜೀನ್ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ವಿಧಾನದ ಮಿತಿಯೇ ಎಂಬುದನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಹೆಚ್ಚಿನ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಅಗತ್ಯವಿದೆ. ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿಯ ಮತ್ತೊಂದು ಮಿತಿಯೆಂದರೆ ಸಂಭಾವ್ಯ ತಪ್ಪು ವರ್ಗೀಕರಣ; ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜೀನ್ mmdA ಪ್ರೊಪಿಯೊನೇಟ್ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ತಿಳಿದಿರುವ ಕಿಣ್ವವಾಗಿದೆ, ಆದರೆ KEGG ಇದನ್ನು ಪ್ರೊಪಿಯೊನೇಟ್ ಚಯಾಪಚಯ ಮಾರ್ಗದೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸುವುದಿಲ್ಲ. ಇದಕ್ಕೆ ವಿರುದ್ಧವಾಗಿ, scpB ಮತ್ತು mmcD ಆರ್ಥೋಲಾಗ್‌ಗಳು ಸಂಬಂಧಿಸಿವೆ. ಗೊತ್ತುಪಡಿಸಿದ ನಾಕ್‌ಔಟ್‌ಗಳಿಲ್ಲದ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಜೀನ್‌ಗಳು ಜೀನ್ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸುವಾಗ PPA-ಸಂಬಂಧಿತ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅಸಮರ್ಥತೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ಭವಿಷ್ಯದ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಮೆಟಾಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಿಂದ ಪ್ರಯೋಜನ ಪಡೆಯುತ್ತವೆ, ಇದು ಕರುಳಿನ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಟಾದ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ ಆಳವಾದ ತಿಳುವಳಿಕೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸಂಭಾವ್ಯ ಡೌನ್‌ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಪರಿಣಾಮಗಳಿಗೆ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಲಿಂಕ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ನರಗಳ ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಅಸ್ವಸ್ಥತೆಗಳು ಅಥವಾ ಉರಿಯೂತದ ಕರುಳಿನ ಕಾಯಿಲೆಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಗೆ, ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆಯಲ್ಲಿನ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಈ ಅಸ್ವಸ್ಥತೆಗಳಿಗೆ ಜೋಡಿಸಲು ಪ್ರಾಣಿಗಳ ಶಾರೀರಿಕ ಮತ್ತು ನಡವಳಿಕೆಯ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನಗಳು ಅಗತ್ಯವಿದೆ. ಕರುಳಿನ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್ ಅನ್ನು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ-ಮುಕ್ತ ಇಲಿಗಳಿಗೆ ಸ್ಥಳಾಂತರಿಸುವ ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯು ರೋಗದ ಚಾಲಕ ಅಥವಾ ಗುಣಲಕ್ಷಣವೇ ಎಂಬುದನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಸಹ ಉಪಯುಕ್ತವಾಗುತ್ತವೆ.
ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ ಹೇಳುವುದಾದರೆ, ಆಹಾರದ PPA ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸುವ ಅಂಶವಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಾವು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಿದ್ದೇವೆ. PPA ಎಂಬುದು ವಿವಿಧ ಆಹಾರಗಳಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಕಂಡುಬರುವ FDA-ಅನುಮೋದಿತ ಸಂರಕ್ಷಕವಾಗಿದ್ದು, ಇದು ದೀರ್ಘಕಾಲೀನ ಒಡ್ಡಿಕೊಂಡಾಗ, ಸಾಮಾನ್ಯ ಕರುಳಿನ ಸಸ್ಯವರ್ಗದ ಅಡ್ಡಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ಹಲವಾರು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ, PPA ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಮೇಲೆ ಪ್ರಭಾವ ಬೀರಬಹುದು ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಟಾದಲ್ಲಿನ ಬದಲಾವಣೆಗಳು ಕೆಲವು ಚಯಾಪಚಯ ಮಾರ್ಗಗಳ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಬದಲಾವಣೆಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು, ಇದು ಆತಿಥೇಯ ಆರೋಗ್ಯಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಶಾರೀರಿಕ ಬದಲಾವಣೆಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಮೇಲೆ ಆಹಾರದ PPA ಪರಿಣಾಮಗಳು ಡಿಸ್ಬಯೋಸಿಸ್ ಅಥವಾ ಇತರ ಕಾಯಿಲೆಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದೇ ಎಂದು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಹೆಚ್ಚಿನ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಅಗತ್ಯವಿದೆ. ಕರುಳಿನ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಮೇಲೆ PPA ಪರಿಣಾಮಗಳು ಮಾನವ ಆರೋಗ್ಯದ ಮೇಲೆ ಹೇಗೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರಬಹುದು ಎಂಬುದರ ಕುರಿತು ಭವಿಷ್ಯದ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಗೆ ಈ ಅಧ್ಯಯನವು ಅಡಿಪಾಯವನ್ನು ಹಾಕುತ್ತದೆ.
ಈ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಲಾದ ಡೇಟಾಸೆಟ್‌ಗಳು ಆನ್‌ಲೈನ್ ರೆಪೊಸಿಟರಿಗಳಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿದೆ. ರೆಪೊಸಿಟರಿ ಹೆಸರು ಮತ್ತು ಪ್ರವೇಶ ಸಂಖ್ಯೆ: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, PRJNA1092431.
ಈ ಪ್ರಾಣಿ ಅಧ್ಯಯನವನ್ನು ಸೆಂಟ್ರಲ್ ಫ್ಲೋರಿಡಾ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯದ ಸಾಂಸ್ಥಿಕ ಪ್ರಾಣಿ ಆರೈಕೆ ಮತ್ತು ಬಳಕೆ ಸಮಿತಿ (UCF-IACUC) ಅನುಮೋದಿಸಿದೆ (ಪ್ರಾಣಿ ಬಳಕೆಯ ಪರವಾನಗಿ ಸಂಖ್ಯೆ: PROTO202000002). ಈ ಅಧ್ಯಯನವು ಸ್ಥಳೀಯ ಕಾನೂನುಗಳು, ನಿಯಮಗಳು ಮತ್ತು ಸಾಂಸ್ಥಿಕ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳನ್ನು ಅನುಸರಿಸುತ್ತದೆ.
NG: ಪರಿಕಲ್ಪನೆ, ದತ್ತಾಂಶ ಸಂರಚನೆ, ಔಪಚಾರಿಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ತನಿಖೆ, ವಿಧಾನ, ಸಾಫ್ಟ್‌ವೇರ್, ದೃಶ್ಯೀಕರಣ, ಬರವಣಿಗೆ (ಮೂಲ ಕರಡು), ಬರವಣಿಗೆ (ವಿಮರ್ಶೆ ಮತ್ತು ಸಂಪಾದನೆ). LA: ಪರಿಕಲ್ಪನೆ, ದತ್ತಾಂಶ ಸಂರಚನೆ, ವಿಧಾನ, ಸಂಪನ್ಮೂಲಗಳು, ಬರವಣಿಗೆ (ವಿಮರ್ಶೆ ಮತ್ತು ಸಂಪಾದನೆ). SH: ಔಪಚಾರಿಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಸಾಫ್ಟ್‌ವೇರ್, ಬರವಣಿಗೆ (ವಿಮರ್ಶೆ ಮತ್ತು ಸಂಪಾದನೆ). SA: ತನಿಖೆ, ಬರವಣಿಗೆ (ವಿಮರ್ಶೆ ಮತ್ತು ಸಂಪಾದನೆ). ಮುಖ್ಯ ನ್ಯಾಯಾಧೀಶರು: ತನಿಖೆ, ಬರವಣಿಗೆ (ವಿಮರ್ಶೆ ಮತ್ತು ಸಂಪಾದನೆ). SN: ಪರಿಕಲ್ಪನೆ, ಯೋಜನಾ ಆಡಳಿತ, ಸಂಪನ್ಮೂಲಗಳು, ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆ, ಬರವಣಿಗೆ (ವಿಮರ್ಶೆ ಮತ್ತು ಸಂಪಾದನೆ). TA: ಪರಿಕಲ್ಪನೆ, ಯೋಜನಾ ಆಡಳಿತ, ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆ, ಬರವಣಿಗೆ (ವಿಮರ್ಶೆ ಮತ್ತು ಸಂಪಾದನೆ).
ಈ ಲೇಖನದ ಸಂಶೋಧನೆ, ಕರ್ತೃತ್ವ ಮತ್ತು/ಅಥವಾ ಪ್ರಕಟಣೆಗೆ ಯಾವುದೇ ಆರ್ಥಿಕ ನೆರವು ದೊರೆತಿಲ್ಲ ಎಂದು ಲೇಖಕರು ಘೋಷಿಸಿದ್ದಾರೆ.
ಆಸಕ್ತಿಯ ಸಂಘರ್ಷ ಎಂದು ಅರ್ಥೈಸಬಹುದಾದ ಯಾವುದೇ ವಾಣಿಜ್ಯ ಅಥವಾ ಆರ್ಥಿಕ ಸಂಬಂಧಗಳ ಅನುಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ ಸಂಶೋಧನೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ಲೇಖಕರು ಘೋಷಿಸುತ್ತಾರೆ. ಅನ್ವಯಿಸುವುದಿಲ್ಲ.
ಈ ಲೇಖನದಲ್ಲಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಲಾದ ಎಲ್ಲಾ ಅಭಿಪ್ರಾಯಗಳು ಲೇಖಕರ ಅಭಿಪ್ರಾಯಗಳಾಗಿವೆ ಮತ್ತು ಅವರ ಸಂಸ್ಥೆಗಳು, ಪ್ರಕಾಶಕರು, ಸಂಪಾದಕರು ಅಥವಾ ವಿಮರ್ಶಕರ ಅಭಿಪ್ರಾಯಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿಬಿಂಬಿಸುವುದಿಲ್ಲ. ಈ ಲೇಖನದಲ್ಲಿ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಲಾದ ಯಾವುದೇ ಉತ್ಪನ್ನಗಳು ಅಥವಾ ಅವುಗಳ ತಯಾರಕರು ಮಾಡಿದ ಯಾವುದೇ ಹಕ್ಕುಗಳನ್ನು ಪ್ರಕಾಶಕರು ಖಾತರಿಪಡಿಸುವುದಿಲ್ಲ ಅಥವಾ ಅನುಮೋದಿಸುವುದಿಲ್ಲ.
ಈ ಲೇಖನಕ್ಕೆ ಪೂರಕ ಸಾಮಗ್ರಿಗಳನ್ನು ಆನ್‌ಲೈನ್‌ನಲ್ಲಿ ಕಾಣಬಹುದು: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/frmbi.2024.1451735/full#supplementary-material
ಅಬ್ಡೆಲ್ಲಿ ಎಲ್ಎಸ್, ಸ್ಯಾಮ್ಸಮ್ ಎ, ನಾಸರ್ ಎಸ್ಎ (2019). ಪ್ರೊಪಿಯೋನಿಕ್ ಆಮ್ಲವು ಆಟಿಸಂ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರಮ್ ಅಸ್ವಸ್ಥತೆಗಳಲ್ಲಿ PTEN/AKT ಮಾರ್ಗವನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸುವ ಮೂಲಕ ಗ್ಲಿಯೋಸಿಸ್ ಮತ್ತು ನರ ಉರಿಯೂತವನ್ನು ಪ್ರೇರೇಪಿಸುತ್ತದೆ. ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ವರದಿಗಳು 9, 8824–8824. doi: 10.1038/s41598-019-45348-z
ಐಚಿಸನ್, ಜೆ. (1982). ಸಂಯೋಜನಾ ದತ್ತಾಂಶದ ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ. ಜೆಆರ್ ಸ್ಟ್ಯಾಟ್ ಸೊಕ್ ಸೆರ್ ಬಿ ಮೆಥೋಡಲ್. 44, 139–160. doi: 10.1111/j.2517-6161.1982.tb01195.x
ಅಹ್ನ್ ಜೆ, ಕ್ವಾನ್ ಎಚ್, ಕಿಮ್ ವೈಜೆ (2023). ಸ್ತನ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ಗೆ ಅಪಾಯಕಾರಿ ಅಂಶವಾಗಿ ಫರ್ಮಿಕ್ಯೂಟ್‌ಗಳು/ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡೆಟ್‌ಗಳ ಅನುಪಾತ. ಜರ್ನಲ್ ಆಫ್ ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಮೆಡಿಸಿನ್, 12, 2216. doi: 10.3390/jcm12062216
ಆಂಡರ್ಸ್ ಎಸ್., ಹ್ಯೂಬರ್ ಡಬ್ಲ್ಯೂ. (2010). ಅನುಕ್ರಮ ಎಣಿಕೆ ದತ್ತಾಂಶದ ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಎಕ್ಸ್‌ಪ್ರೆಶನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ. ನ್ಯಾಟ್ ಹಿಂದಿನದು. 1–1, 1–10. doi: 10.1038/npre.2010.4282.1
ಆಂಜೆಲಿಸ್, ಎಂಡಿ, ಪಿಕ್ಕೊಲೊ, ಎಂ., ವನ್ನಿನಿ, ಎಲ್., ಸಿರಗುಸಾ, ಎಸ್., ಜಿಯಾಕೊಮೊ, ಎಡಿ, ಸೆರಾಜನೆಟ್ಟಿ, ಡಿಐ, ಮತ್ತು ಇತರರು (2013). ಆಟಿಸಂ ಮತ್ತು ವ್ಯಾಪಕ ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಅಸ್ವಸ್ಥತೆ ಹೊಂದಿರುವ ಮಕ್ಕಳಲ್ಲಿ ಮಲ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ ಮತ್ತು ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಬೇರೆ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ನಿರ್ದಿಷ್ಟಪಡಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ. PLoS ಒನ್ 8, e76993. doi: 10.1371/ಜರ್ನಲ್.ಪೋನ್.0076993
ಅವೆರಿನಾ ಒವಿ, ಕೊವ್ಟುನ್ ಎಎಸ್, ಪಾಲಿಯಕೋವಾ ಎಸ್ಐ, ಸವಿಲೋವಾ ಎಎಮ್, ರೆಬ್ರಿಕೋವ್ ಡಿವಿ, ಡ್ಯಾನಿಲೆಂಕೊ ವಿಎನ್ (2020). ಆಟಿಸಂ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರಮ್ ಅಸ್ವಸ್ಥತೆಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಚಿಕ್ಕ ಮಕ್ಕಳಲ್ಲಿ ಕರುಳಿನ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಟಾದ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ನ್ಯೂರೋಮೆಟಾಬಾಲಿಕ್ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳು. ಜರ್ನಲ್ ಆಫ್ ಮೆಡಿಕಲ್ ಮೈಕ್ರೋಬಯಾಲಜಿ 69, 558–571. doi: 10.1099/jmm.0.001178
ಬಾಕ್ವೆರೊ ಎಫ್., ನೊಂಬೆಲಾ ಕೆ. (2012). ಮಾನವ ಅಂಗವಾಗಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ. ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಮೈಕ್ರೋಬಯಾಲಜಿ ಮತ್ತು ಸೋಂಕು 18, 2–4. doi: 10.1111/j.1469-0691.2012.03916.x
ಬೌರ್ ಟಿ., ಡುರ್ರೆ ಪಿ. (2023). ಪ್ರೊಪಿಯೋನಿಕ್ ಆಮ್ಲ-ಉತ್ಪಾದಿಸುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಶರೀರಶಾಸ್ತ್ರದ ಬಗ್ಗೆ ಹೊಸ ಒಳನೋಟಗಳು: ಅನಾರೋಟಿಗ್ನಮ್ ಪ್ರೊಪಿಯೋನಿಕಮ್ ಮತ್ತು ಅನಾರೋಟಿಗ್ನಮ್ ನಿಯೋಪ್ರೊಪಿಯೋನಿಕಮ್ (ಹಿಂದೆ ಕ್ಲೋಸ್ಟ್ರಿಡಿಯಮ್ ಪ್ರೊಪಿಯೋನಿಕಮ್ ಮತ್ತು ಕ್ಲೋಸ್ಟ್ರಿಡಿಯಮ್ ನಿಯೋಪ್ರೊಪಿಯೋನಿಕಮ್). ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳು 11, 685. doi: 10.3390/microorganisms11030685
Bazer FW, Spencer TE, Wu G, Cudd TA, Meininger SJ (2004). ತಾಯಿಯ ಪೋಷಣೆ ಮತ್ತು ಭ್ರೂಣದ ಬೆಳವಣಿಗೆ. ಜೆ ನ್ಯೂಟ್ರ್ 134, 2169–2172. doi: 10.1093/jn/134.9.2169
ಬೆಂಜಮಿನಿ, ವೈ., ಮತ್ತು ಹೊಚ್‌ಬರ್ಗ್, ಜೆ. (1995). ತಪ್ಪು-ಧನಾತ್ಮಕ ದರವನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸುವುದು: ಬಹು ಪರೀಕ್ಷೆಗೆ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಮತ್ತು ಪರಿಣಾಮಕಾರಿ ವಿಧಾನ. ಜೆಆರ್ ಸ್ಟ್ಯಾಟ್ ಸೊಕ್ ಸೆರ್ ಬಿ ವಿಧಾನ. 57, 289–300. doi: 10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x